学校收费必须给每个学生出具票据，否则收费行为就是违规的。很多学校既有免税收费项目又有应税收费项目，在收取这些费用时，应区分不同的项目出具不同的票据。这里应注意两点：一是正确使用票据，二是财务上对应税项目和免税项目要分别核算。
财税[2006]3号规定，“提供教育劳务取得的收入是指对列入规定招生计划的在籍学生提供学历教育劳务取得的收入，具体包括：经有关部门审核批准，按规定标准收取的学费、住宿费、课本费、作业本费、伙食费、考试报名费收入。超过规定收费标准的收费以及学校以各种名义收取的赞助费、择校费等超过规定范围的收入，不属于免征营业税的教育劳务收入，一律按规定征税。”
文件以正列举的方式明确了对超过标准的上述6项收费以及除6项之外的其他各种形式的收费，如补课费、跨区费、择校费、新入学学生的军训、饭卡、体检、保险、住宿和洗澡等费用，都不属于免税收费，即使是符合条件的从事学历教育的学校收取的上述费用，仍然需要缴纳营业税。
《中华人民共和国营业税暂行条例》规定，“纳税人兼营免税、减税项目的，应当单独核算免税、减税项目的营业额；未单独核算营业额的，不得免税、减税。”
因此，学校在收取各项费用时，应将免征营业税的收费与其他的各项收费分别核算，如果不分别核算的，免征营业税的6项收费收费将不能免予征税。
在收费票据的使用方面，财政部关于印发《行政事业性收费和政府性基金票据管理规定》的通知（财综字[1998]104号）规定，“收费票据包括行政事业性收费票据和政府性基金票据，分为通用票据和专用票据两类。通用票据是指满足一般收费特点，具有通用性质的票据，适用于普通行政事业性收费。专用票据是指为适应特殊需要，具有特定式样的专用性票据，适用于特定的行政事业性收费和政府性基金。专用票据分为定额专用票据和非定额专用票据两种。”未按规定使用收费票据等违反收费票据管理规定的行为，“由财政部门或其委托的票据管理机构依法予以没收，并可处以警告或罚款。对非经营性活动中的违法行为，处以1000元以下罚款；对经营性活动中的违法行为，有违法所得的，处以违法金额3倍以下不超过30000元的罚款，没有违法所得的，处以10000元以下罚款。构成犯罪的，移交司法机关依法追究有关责任人员的刑事责任。”
按规定标准收取的学费、住宿费、课本费、作业本费、伙食费、考试报名费收入等6项收费属于免征营业税的收入，应开具财政部门印制的《行政事业收费专用收据》。
学校收取应税项目时，应使用税务发票。《中华人民共和国发票管理办法》规定，“所有单位和从事生产、经营活动的个人在购买商品、接受服务以及从事其他经营活动支付款项时，应当向收款方取得发票。取得发票时，不得要求变更品名和金额。不符合规定的发票，不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收。对于未按照规定取得发票等违反发票管理法规的行为，由税务机关责令限期改正，没收非法所得，可以并处1万元以下的罚款。”
