第一，不同阶段造价文件的设置。主要包括：投资估算、概算造价、修正概算造价、预算造价、合同价、结算价、竣工决算。建设工程造价内容反映了参与建设工程各方的权利与义务关系，其中，与基建会计核算相关的有合同价、结算价以及竣工决算造价文件。合同价是指工程招投标阶段通过签订总承包合同、建筑安装工程承包合同、设备材料采购合同，以及技术和咨询服务合同所确定的价格。合同价属于市场价格，有承发包双方，即商品和劳务买卖双方根据市场行情共同议定和认可的成交价格，但并不等同于实际工程造价。结算价是指一个单项工程、单位工程、分项工程或分项工程完工后，经发包人及有关部门验收并办理验收手续后，承包人根据工程造价计价标准、计价办法、建设项目的合同、补充协议、变革签证和现场签证，以及经发承包人认可的其他有效文件，在工程结算时按合同调价范围和调价方法，对实际发生的工程量增减、设备和材料价差等进行调整后计算和确定的价格。结算价是该结算工程的实际价格，结算价是该结算工程的实际价格。结算一般有按月结算、分段结算等方式。它们是结算工程价款、确定工程收入、考核工程成本、进行计划统计、经济核算及竣工决算等的依据。其中，竣工结算是反映上述工程全部造价的经济文件，以此为依据，建设单位办理完工程结算后，标志着双方所承担的合同义务和经济责任的结束。竣工决算是指在竣工验收后，由建设单位编制的建设工程项目从筹建到建设投产或使用的全部实际成本的技术经济文件。竣工决算是建设投资管理的重要文件，也是进行建设工程项目财务总结的必要手段，竣工决算的内容由文字说明和决算报表两部分组成。
第二，会计科目与辅助项目的设置衔接。基建会计科目用来描述经济业务中各方权利义务以及成本费用，因而在工程结算以及竣工决算中要考虑科目同辅助项目的结合，特别是成本费用科目同辅助项目的结合。在会计科目中，为了工程结算的需要，会使用成本费用科目和往来科目，在科目与辅助项目设置过程中，要考虑描述经济业务的全面性与一贯性。在成本费用科目中，如“建筑安装工程”要与辅助项目中的“工程项目”、“往来单位”、“合同”相衔接，在往来科目“应付工程款”“其他应付款”“预付备料款”也应将“工程项目”“往来单位”“合同”辅助项目衔接。描述工程结算的科目，只要可能涉及到合同的情况，都要统一地使用辅助项目。因为一旦科目衔接的辅助项目不一致，在工程结算时，就有可能统计不出相关的往来款项，造成工作量加大与工作风险的提高。因为工程结算中是以合同作为结算的基础，在会计系统中应当全面反映合同履行状况，在科目衔接中缺少相应项目，会导致相关数据缺乏相应有用性。例如，在通常核算中，其他应收款科目中设置“工程项目”、“往来单位”项目核算即可满足需要，因为只要退“其他应收款”不超过账面余额便可。在工程结算时，由于“其他应收款”未与“合同”项目核算衔接，便不能全面反映某合同的履行情况，实际上也就造成了“合同”项目核算没有起到应有的作用。如果受会计软件的限制，往来核算中只能在“工程核算”、“往来单位”、“合同”三项中选择两项，应当选择“工程核算”和“合同”项目核算，因为在选择项目核算时，要兼顾工程结算和竣工决算的需要。工程结算面向的是合同，而竣工决算面对的是工程项目。在实际工作中，如果没有“往来单位”项目，而有“合同”项目，可以将“合同”项目信息查询后汇总；但如果有“往来单位”项目，而没有“合同”项目，其分解信息与数据的工作量就较大，且准确率较低，及时性也较差。会计科目与项目管理并不是不兼容的，如果供应商较少的情况下，可以在涉及到往来的会计科目下设置二级明细科目“往来单位”进行核算；如果往来单位较多，只能采用汇总的方法统计数据。
