税收实践中关于权责发生制原则的具体运用与会计准则中的权责发生制有所不同，它还受制于税基确定性的原则要求。例如，按照会计准则中的权责发生制原则，属于当期的费用，不论款项是否支付，均应作为当期费用，然而，在企业所得税汇算清缴时，如果企业未取得与费用有关的合法、有效凭证，则通常不能扣除相应费用。而在收入确认方面，税法中的权责发生制同样有其独特之处。
(二)分类与确认：关于计税收入的基本规定
1、新法中将收入分为应税收入、免税收入、不征税收入三类，其中不征税收入是一个新的收入范畴。新法第七条规定的不征税收入包括：财政拨款;依法收取并纳入财政管理的行政事业性收费、政府性基金;国务院规定的其他不征税收入。条例第二十六条明确规定，“政府性基金”是指企业依照法律、行政法规等有关规定，代政府收取的具有专项用途的财政资金;“国务院规定的其他不征税收入”是指企业取得的，由国务院财政、税务主管部门规定专项用途并经国务院批准的财政性资金。这一规定显然承袭了《财政部、国家税务总局关于企业补贴收入征税等问题的通知》(财税[1995]81号)中的有关规定，企业取得的各种财政性资金能否不作应税收入，必须符合规定条件并有国家明文列举。在既往的部门规章中，明文规定的不征税收入只限于较小的范围之内，新法实施后这些项目是否延续，是否有所调整，则是需要关注的实际问题。
不过，在收入与扣除及亏损弥补的关系上，新法及条例发生了重要变化。《国家税务总局关于企业的免税所得弥补亏损问题的通知》(国税发[1999]34号)规定：“如果一个企业既有应税项目，又有免税项目，其应税项目发生亏损时，按照税收法规规定可以结转以后年度弥补的亏损，应该是冲抵免税项目所得后的余额。此外，虽然应税项目有所得，但不足弥补以前年度亏损的，免税项目的所得也应用于弥补以前年度亏损。”例如，A公司2008年度应税收入为900万元，相应扣除额为1 000万元，同时从子公司分回利润260万元(即免税收入)。如果按照国税发[1999]34号文的规定，A公司应税项目的亏损100万元必须以免税收入260万元予以弥补，则结转以后年度的亏损为0。而新法第五条规定：“企业每一纳税年度的收入总额，减除不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额”。条例第十条规定：“企业所得税法第五条所称亏损，是指企业依照企业所得税法和本条例的规定将每一纳税年度的收入总额减除不征税收入、免税收入和各项扣除后小于零的数额”。据此，A公司2008年度的应纳税所得额为：(收入总额1 160-免税收入260)-扣除额1 000= -100(万元)，即存在可结转以后年度弥补的亏损100万元。
