3、关于所得“来源地”与“支付地”的关系。非居民企业应当就其所设机构、场所取得的来源于中国境内的所得缴纳企业所得税，非居民企业在中国境内设立机构、场所的，还应就其发生在中国境外但与其所设机构、场所有实际联系的所得缴纳企业所得税。需要注意的是，所得“来源地”与“支付地”有时是一致的，有时并不一致，在实务中必须理清两者的关系。条例中对“来源于中国境内、境外的所得”作了原则规定，如“提供劳务所得，按照劳务发生地确定”。假定一居民企业向在中国境内无机构、场所的非居民企业支付一笔设计费，非居民企业的设计劳务均发生在境内，则设计费为来源于中国境内的所得，负有纳税义务，此时来源地与支付地一致。而如果有证据表明该设计劳务发生在境外，则不属于来源于中国境内的所得，中国税务机关对之不行使税收管辖权，此时来源地与支付地不一致。
4、关于汇总纳税问题。新法规定：居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。条例第一百二十五条进一步明确：“企业汇总计算并缴纳企业所得税时，应当统一核算应纳税所得额，具体办法由国务院财政、税务主管部门另行制定。”原税收法规中将“实行独立经济核算”作为判定一个经济组织是否为企业所得税纳税义务人的主要条件，导致出现了将诸多企业分支机构作为企业所得税纳税义务人的问题。新法对此进行了重大改革，贯穿法人纳税原理，体现量能负担原则。条例中明确由法人企业汇总计算应纳税所得额，企业分支机构因不属于法定的纳税义务人，故不再独立调整、计算、申报其应纳税所得额并独立计算纳税。不过，由于我国企业所得税属于中央与地方共享税，故法人企业在统一计算出应纳税所得额及应纳税额后，如何在总分机构经营所在地进行财政利益分配，企业如何申报缴纳税款，税务机关如何对异地分支机构进行监管，相关法律责任如何界定等等，这些问题还有待部门规章加以细化和明确。
二、公平、客观、合理：应纳税所得额计算相关规定的三大亮点
新法统一了内外资企业应纳税所得额的计算办法，改革了原法中对内资企业税前扣除方面诸多不合理的限制，优化了税收法律环境，体现了对纳税人净所得征税的所得税制原理。在此方面条例中值得关注的主要内容有：
(一)权责发生制：计算应纳税所得额的基本原则
在条例第二章第一节的一般规定中开宗明义，强调权责发生制的基本原则，同时阐明：“本条例和国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。”也就是说，税法并未排除收付实现制。在过去较长一段时间中，我国对房地产开发企业预售房款即核定应税所得，预征税款。条例为此类计税办法留下了相应空间。
