由于发生在“营改增”之前的固定资产投资，不能获得进项抵扣，因此短期内，铁路运输和邮政服务业企业的税负可能会有所增加。此外，由于铁路运价相对固定，因此无法通过价格磋商，转嫁给下游公司。
同样，货运占重头的大秦铁路也面临着利润降低的压力。
此前，一位铁路运输企业相关负责人测算，按照大秦铁路2014年预测收入526亿元计算，假设对铁路货运实行11%税率，而对客运简易征收3%的税率，年资本支出50亿元，工资及折旧不能抵扣，则大约增加税负11.7亿元。
不过，实际情况还要严重。大秦铁路总经理关柏林在某次会议上公开表示，营改增相关行业政策尚未出齐，从2014年第一季度的实际情况初步判断，营改增对2014年公司的影响在16亿元左右，即税负将增加16亿元左右。
“铁路前期成本太大，增值税没有优惠，早期运营就会困难一些。”王雍君表示。
而原则上财政将予以补贴，由于额度和时点仍未确定，至今尚未有具体政策补助细则出台。
仍有减税空间
为企业“减负”的营改增，却给铁路行业加重了负担。
今年7月1日，增值税率为6%和4%的增值税征收率将统一调整为3%，中小企业进一步降低了税负。目前我国增值税按6%征收率的项目包括自来水、小水电、建筑产品和生物制品等，按4%征收率的项目包括寄售、典当和拍卖商品。
“这对很多企业都会产生影响，但大部分企业规模较小，而且不影响制造业，对税收的影响不会很大。”财政部研究所税收政策研究室主任张学诞表示。
大多数制造行业的企业需缴纳17%的增值税。目前，我国增值税税率以17%为主，其次是13%、11%、6%、4%、3%。
不过，由于铁路按照11%征收增值税，因此在铁路主业，并不受此次降低税率影响。
由于中国实行生产型增值税，由于生产型增值税不允许扣除外购固定资产所含的已征增值税，且营业税不能在增值税中扣除，因此，我国增值税与国外增值税计算口径不一致。如果严格按照国外口径计算，则税率实际上远超现有百分比。
“铁路承担一定的公益性，并不是完全的商业模式，涉及的面也非常广，采取一些税收优惠有助于铁路更好发展。不过，目前在增值税方面，这种优惠政策比较欠缺。相对11%的税率来说，应该还有进一步的减税空间。”王雍君表示。
