2011年10月之前,中央法规层面对于企业分立的营业税政策是不明确的。国家税务总局曾经在《关于转让企业产权不征营业税问题的批复》(国税函[2002]165号,以下简称国税函[2002]165号)中对海南省地方税务局作出批复。国税函[2002]165号规定:“转让企业产权是整体转让企业资产、债权、债务及劳动力的行为,其转让价格不仅仅是由资产价值决定的,与企业销售不动产、转让无形资产的行为完全不同。因此,转让企业产权的行为不属于营业税征收范围,不应征收营业税”,但这是针对转让整体资产、负债等而言的,而分立是转让部分资产、负债。2005年,国家税务总局给青海省地方税局作出了一个类似批复,即国家税务总局《关于青海省黄河尼那水电站整体资产出售行为征收流转税问题的批复》(国税函[2005]504号,以下简称国税函[2005]504号)。国税函[2005]504号规定:“非整体转让企业资产、债权、债务及劳动力,不属于企业的整体产权交易行为。因此,转让土地使用权和销售不动产的行为应照章征收营业税”,从国税函[2005]504号中似乎可以看出,必须是转让全部的产权行为,否则需要缴纳营业税。但是对于分立行为,同时又分为存续分立和新设分立,存续分立对于被分立企业来说是转移部分产权,而新设分立对于被分立企业来说属于转让全部产权,具体如何使用营业税政策,却一直没有明确的规定。
部分省市的税务机关对此作出了地方性的规定。例如,早在2000年,江苏省地方税务局《关于企业改组改制中有关营业税若干征税问题的通知》(苏地税发[2000]44号)规定:“对企业在分立过程中发生的土地使用权、不动产所有权的转移行为,不征收营业税”,江苏地税对于分立的营业税处理作出了明确的规定,要早于国家税务总局的类似政策;福建省地方税务局《关于福建顶益食品有限公司存续分立有关营业税问题的批复》(闽地税函[2006]50号)规定:“该公司存续分立,实质上是整体转让公司中饮料生产车间的全部产权。根据国税函[2002]165号的有关规定,福建顶益食品有限公司存续分立过程中整体转让饮料车间的行为不征营业税”,福建地税的这份批复文件认为,转让一个车间也属于整体转让产权行为,从而不征收营业税,福建地税的批复要比国家税务总局对青海省地方税局的批复政策执行口径宽松得多。2009年,浙江省地方税务局《关于营业税若干政策业务问题的通知》(浙地税函[2009]423号)规定:“在合并、分立、兼并等企业重组过程中发生转让企业产权涉及的不动产、土地使用权转移行为,不征收营业税”;2010年3月,福建省地方税局再次对企业分立过程中转让资产涉及的营业税问题作出批复,《福建省地方税务局关于长乐星光房地产开发有限公司企业分立资产转移有关营业税问题的批复》(闽地税函[2010]43号)规定:根据财政部、国家税务总局《关于股权转让有关营业税问题的通知》(财税[2002]191号)以及国税函[2002]165号的有关规定,对长乐星光房地产开发有限公司分立两个公司(即长乐星光房地产开发有限公司和长乐昆仑大饭店有限公司)过程中所产生的资产转移不征收营业税。