小规模纳税人提供货物运输服务，接受方索取货运专用发票的，可向主管税务机关申请代开货运专用发票。代开货运专用发票按照代开专用发票的有关规定执行。
(二)自本地区试点实施之日起，试点地区纳税人不得开具公路、内河货物运输业统一发票。
(三)试点地区提供港口码头服务、货运客运场站服务、装卸搬运服务以及旅客运输服务的一般纳税人可以选择使用定额普通发票。
(四)试点地区从事国际货物运输代理业务的一般纳税人，应使用六联增值税专用发票或五联增值税普通发票，其中第四联用作购付汇联;从事国际货物运输代理业务的小规模纳税人开具的普通发票第四联用作购付汇联。
(五)纳税人于本地区试点实施之日前提供改征增值税的营业税应税服务并开具发票后，如发生服务中止、折让、开票有误等，且不符合发票作废条件的，应开具红字普通发票，不得开具红字专用发票和红字货运专用发票。对于需重新开具发票的，应开具普通发票，不得开具专用发票和货运专用发票。
二、关于税控系统使用问题
(一)自本地区试点实施之日起，试点地区新认定的一般纳税人(提供货物运输服务的纳税人除外)使用增值税防伪税控系统，提供货物运输服务的一般纳税人使用货物运输业增值税专用发票税控系统。试点地区使用的增值税防伪税控系统专用设备为金税盘和报税盘，纳税人应当使用金税盘开具发票，使用报税盘领购发票、抄报税。货物运输业增值税专用发票税控系统专用设备为税控盘和报税盘，纳税人应当使用税控盘开具发票，使用报税盘领购发票、抄报税。
(二)货物运输业增值税专用发票税控系统及专用设备管理按照现行增值税防伪税控系统有关规定执行，涉及的相关文书试点地区可在现有文书基础上适当调整。
(三)自试点实施之日起，北京市小规模纳税人可使用金税盘或税控盘开具普通发票，使用报税盘领购发票、抄报税。
三、关于货运专用发票开具问题
(一)一般纳税人提供应税货物运输服务使用货运专用发票，提供其他应税项目、免税项目或非增值税应税项目不得使用货运专用发票。
(二)货运专用发票中“承运人及纳税人识别号”栏内容为提供货物运输服务、开具货运专用发票的一般纳税人信息;“实际受票方及纳税人识别号”栏内容为实际负担运输费用、抵扣进项税额的一般纳税人信息;“费用项目及金额”栏内容为应税货物运输服务明细项目不含增值税额的销售额;“合计金额”栏内容为应税货物运输服务项目不含增值税额的销售额合计;“税率”栏内容为增值税税率;“税额”栏为按照应税货物运输服务项目不含增值税额的销售额和增值税税率计算的增值税额;“价税合计(大写)(小写)”栏内容为不含增值税额的销售额和增值税额的合计;“机器编号”栏内容为货物运输业增值税专用发票税控系统税控盘编号。
