特别纳税调整不同于一般纳税调整之处在于，它不是由于财务会计处理办法和税法规定之间的差异产生的，而是税务机关出于实施反避税目的而对纳税人特定纳税事项所作的税务调整，包括针对纳税人转让定价、资本弱化、受控外国企业及其他避税情况所进行的税务调整。在特别纳税调整中如何加收利息，直接关系到纳税人的切身利益。对此，笔者谈谈自己的看法。
考虑到特别纳税调整补征税款涉及的调整区间较长，对特别纳税调整补征税款的法律责任应遵循适度原则，以补偿为主。企业所得税法规定税务机关依照规定作出纳税调整，需要补征税款的，应当补征税款，并按照国务院规定加收利息。由于加收的利息不同于一般的存贷款利息，是纳税人违反公平交易原则，因占用国家资金而对国家的一种经济补偿，因此加收的利息不应在计算应纳税所得额时扣除。
根据法律不溯及既往的原则，企业所得税法中特别纳税调整的规定不适用于2008年1月1日之前的避税行为。故国家税务总局关于印发《特别纳税调整实施办法（试行）》的通知（国税发〔2009〕2号）规定，税务机关根据规定对企业作出特别纳税调整的，应对2008年1月1日以后发生交易补征的企业所得税税款，按日加收利息。如果相关避税行为被追溯至2008年之前，则应按有关规定，仅要求企业按规定的期限缴清税款，不加计利息。
企业所得税法规定，企业应当自年度终了之日起五个月内进行汇算清缴，结清应缴应退税款。这意味着如果存在少缴纳税款，拖欠税款的时间应从次年6月1日起计算。故特别纳税调整利息计算的起止日期应为自税款所属纳税年度的次年6月1日起至补缴税款之日止。另外，企业在税务机关下达《特别纳税调查初步调整通知书》后预缴税款的，由于不再占用国家资金，应自预缴之日起停止计算利息。具体操作时，如果企业在税务机关作出特别纳税调整决定前预缴税款的，收到调整补税通知书后，应按照应补缴税款所属年度的先后顺序确定其已预缴税款的所属年度，以预缴入库日为截止日，分别计算其应缴纳的利息额。
