此种情形下，B公司销售自产原木免征增值税，向A公司开具普通发票。A公司可凭B公司的销售发票上注明的原木买价和13％的扣除率计算进项税额予以抵扣。经营林木成本能取得增值税扣税凭证的支出主要为肥料、农药、种苗、设备，B公司享受免征增值税政策，其对应进项税额需作转出处理。由于经营林木取得的进项税额远低于其销售额的13%，与方案一相比，企业整体增值税税负将明显降低。
B公司销售自产原木取得的所得，属于从事林木的培育和种植所得，免征企业所得税。A公司制造木盒销售，享受不了免征企业所得税优惠，应按适用税率缴纳企业所得税。与方案一相比，由于原木所得免征企业所得税，企业整体应缴纳的企业所得税将减少。
比如，业务分割前A公司整体对外销售木盒5000万元，成本为3000万元，其中木盒加工成本为500万元，在生产原木过程中取得增值税抵扣凭证的金额为2000万元，加工木盒过程中取得增值税抵扣凭证的金额为500万元，不考虑其他因素。
A公司应纳税所得额为2000万元，应缴纳企业所得税500万元。
A公司销项税额5000×17%＝850（万元）；进项税额2500×17%＝425（万元）；应纳增值税额为850－425＝425（万元）。
经业务分割后，B公司生产原木销售给A公司，A公司从B公司购入原木4000万元，该原木均已做成木盒对外销售。
A公司的应纳税所得额为500万元（5000－4000－500），应缴纳企业所得税125万元。B公司向A公司销售原木成本为2500万元，B公司享受免税政策，其应纳税所得额为0，应纳税额为0。分割后共应缴纳企业所得税125万元，企业将少缴纳企业所得税375万元（500－125）。
A公司销项税额为850万元，进项税额为500×17%＋4000×13%＝605万元；应纳增值税额为850－605＝245（万元）；B公司应纳增值税额为0，业务分割后共应缴纳增值税245万元，企业将少缴纳增值税180万元（425－245）。
因此，方案二与方案一相比，将能充分享受相关税收优惠政策。需要注意的是，B企业应当按主管税务机关的要求，提交相关资料办理备案手续后方可享受税收优惠政策，未办理相关手续的，不得享受相关优惠。
从原木定价上而言，如果原木价格定得越高，A公司能抵扣的增值税额将越多，缴纳的增值税将越少，企业整体增值税负将越低。同时，B公司的利润将越大，而A公司的利润将越小，由于B公司经营林木免征企业所得税，企业整体所得税负也将越低。那么，是不是B公司将价格定得越高越好呢？A公司与B公司为关联企业，其交易应符合独立交易原则，如果其交易不符合独立交易原则，造成减少应税收入或者应纳税所得额的，税务机关有权按照合理的方法进行调整。因此，为避免涉税风险，原木的定价应参考市场同类木材的价格制定。
