根据现行税法，高新技术企业可享受税收优惠有四类：一是企业所得税低税率优惠，企业所得税税率可由原来的25%降为15%；二是企业研发费用加计扣除优惠，研发费计入当期损益未形成无形资产的，允许再按其当年研发费用实际发生额的50%，直接抵扣当年的应纳税所得额；三是企业所得税减免税优惠，企业符合条件的技术转让所得，可以免征、减征企业所得税；四是对在高新技术成果转化中做出重大贡献的专业技术人员和管理人员，由各级政府部门授予荣誉称号并安排专项资金给予奖励，对所获奖金免征个人所得税。
企业被认定为高新技术企业后，可以享受国家对高新技术企业给予的上述税收优惠。但是，有很多企业在取得了高新技术企业资格后，由于不注意加强后续的涉税管理，影响了企业对当期税收优惠的享受，甚至影响到高新技术企业资格的复审。从实践上看，高新技术企业在后续涉税管理中应该注意很多具体问题。
正确理解高新资格有效期和税收优惠资格有效期。例如，某公司通过高新技术企业认定后，获取的高新技术企业证书上显示的发证时间为2010年12月16日。那么，该公司的高新资格有效期为自颁发证书之日起的3年，即2010年12月16日～2013年12月15日。而该企业的税收优惠资格有效期为自认定当年起的3年，即2010年1月1日～2012年12月31日。也就是说，该公司在2013年1月1日～2013年12月15日期间，是没有资格享受高新企业税收优惠的。
按照规定，高新技术企业在高新资格期满后，如果要继续申请高新资格，应在资格期满前3个月内提出复审申请。比如上述公司的高新资格到期日为2013年12月15日，其应在2013年9月15日后提出复审申请。在复审期间，该企业的税收优惠资格有效期实际上已过期，但根据《国家税务总局关于高新技术企业资格复审期间企业所得税预缴问题的公告》（国家税务总局公告2011年第4号），高新技术企业应在资格期满前3个月内提出复审申请，在通过复审之前，在其高新技术企业资格有效期内，其当年企业所得税可暂按15%的税率预缴。
准确计算企业职工总人数和科技人员人数。高新技术企业低税率税收优惠的条件之一为：企业大专以上科技人员人数最低占总职工人数的30%。企业遇到常见问题是，职工总数是否包含劳务派遣人员？《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题的公告》（国家税务总局公告2012年第15号）第一条规定，企业因雇用季节工、临时工、实习生、返聘离退休人员以及接受外部劳务派遣用工所实际发生的费用，应区分为工资、薪金支出和职工福利费支出，并按企业所得税法规定在企业所得税前扣除。国家税务总局办公厅对此文件的解读中明确指出，企业雇佣季节工、临时工、实习生、返聘离退休人员以及接受外部劳务派遣用工，也属于企业任职或者受雇员工范畴。所以，在计算企业职工总人数时，暂未有文件明确必须有累计工作时间，即不能以劳务派遣等方式规避减少企业职工总人数这个分母指标。但是要注意，在确定企业科技人员这个分子指标时，要关注全年累计工作时间问题，按照《高新技术企业认定管理工作指引》第五条第二款规定，企业科技人员是指在企业从事研发活动和其他技术活动的，累计实际工作时间在183天以上的人员。
