税务上，根据企业所得税法实施条例第五十六条规定，企业的各项资产，包括固定资产、生物资产、无形资产、长期待摊费用、投资资产、存货等，以历史成本为计税基础。前款所称历史成本，指企业取得该项资产时实际发生的支出。企业持有各项资产期间资产增值或者减值，除国务院财政、税务主管部门规定可以确认损益外，不得调整该资产的计税基础。企业所得税法实施条例第七十一条规定，企业所得税法第十四条所称投资资产，指企业对外进行权益性投资和债权性投资形成的资产。企业在转让或者处置投资资产时，投资资产的成本，准予扣除。投资资产按照以下方法确定成本：(一)通过支付现金方式取得的投资资产，以购买价款为成本;(二)通过支付现金以外的方式取得的投资资产，以该资产的公允价值和支付的相关税费为成本。
也就是说，税法上不承认会计上经过调整的长期股权投资的账面价值1200万元，只承认会计上的长期股权投资的历史成本，即取得该项投资资产时实际发生的支出1000万元。
另外，按照国税函〔2010〕79号文件关于股权转让所得确认和计算的规定，企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。A公司在计算投资转让所得时，不得扣除B公司未分配利润等股东留存收益中归其所分配的金额200万元。
因此，A公司应确认投资转让所得为500万元，即投资转让收入1500万元-投资资产的历史成本(投资转让的税收成本)1000万元。会计上比税务上少计投资转让收益200万元，应纳税调增应纳税所得额200万元并填写企业所得税年度纳税申报表主表第十四行"纳税调整增加额"及其相关附表。
相关附表具体填写方法：
附表十一《长期股权投资所得(损失)明细表》第十一列"投资转让净收入"填写15000000元，第十二列"投资转让的会计成本"填写12000000元，第十三列"投资转让的税收成本"填写10000000元，第十四列"会计上确认的转让所得或损失"填写3000000元，第十五列"税收上计算的投资转让所得或损失"填写5000000元，第十六列"会计与税收的差异"填写-2000000元(正数表示纳税调整减少数，负数表示纳税调整增加数)。
附表三《纳税调整项目明细表》第十九行"一、收入类调整项目十八其他(投资转让所得)"第一列"账载金额"填写"会计上确认的转让所得或损失"3000000元，第二列"税收金额"填写"按税收计算的投资转让所得或损失"5000000元，第三列"调增金额"填写第一列与第二列的差额2000000元，第四列"调减金额"填写"0".
