假设2012年6月初库存商品产成品的农产品耗用率为94.03%，平均农产品增值税扣除税率为13.67%；本月生产成本的农产品耗用率＝ [5609.44×（1－0.53%）÷5969.44]×100%＝93.47%，本月平均农产品增值税扣除税率为13.38%。则：
试点期初库存商品产成品成本＝[（1960＋5969.44）÷（2500＋7680）] ×（2500＋7680－6000）＝3255.90（万元）。
试点期初库存商品产成品不得抵扣的进项税额＝[（1960×94.03%×13.67%）＋（5969.44×93.47%×13.38%）] ÷（1960＋5969.44）×3255.90＝409.99（万元）
借：原材料——主原料 409.99
贷：应交税费——应交增值税（进项税额转出） 409.99。
注意事项
根据上述案例的分析，进项税核定扣除试点纳税人在计算试点期初库存商品所含进项税额时，应注意以下几个方面：
第一，试点期初库存商品所含进项税额的计算，不是简单地将留抵进项税额余额转出而已。因为，增值税进项税的抵扣是不分抵扣项目综合计算的，试点纳税人的留抵进项税额余额中，除含有农产品进项税额外，还含有除农产品以外的货物、应税劳务和应税服务的进项税额。财税〔2012〕38号文件规定，除农产品以外的增值税进项税额仍按现行有关规定抵扣。所以，留抵进项税额中，所含的非农产品进项税额不应作转出处理。另外，进项税额的抵扣额度及抵扣进度与试点期初库存商品的成本没有直接关系，只与依据商品销售收入计算的销项税额紧密相关，销项税额高，进项税抵扣就多，销项税额低，进项税抵扣就少。因此，留抵进项税额与试点期初库存商品的进项税额是不匹配的，不是试点期初库存商品所含进项税额的全部。
第二，应注重区别“农产品耗用”与“非农产品耗用”，财税〔2012〕38号文件主要针对农产品的耗用进行进项税额核定试点，非农产品耗用不在试点范围。比如，原料中单独支付的运费、入库前的整理费用，半成品、产成品中的燃料、动力等机物料及固定资产折旧的耗用，直接人工等非物料消耗，这些耗用都属非农产品耗用，在计算试点期初库存商品所含进项税额时，应按合理的方法在商品成本中予以剔除，不能直接将试点期初库存商品账面成本乘以相关扣除税率来计算库存商品所含的进项税额。
第三，进项税额的取得是多样的，有的来源于一般纳税人，有的来源于小规模纳税人或农业生产者，进项税额的计算方法是不同的。不论用哪种单一的方法计算试点期初库存商品的进项税额，都是不准确的，应该按合理的方法计算出平均扣除税率，相对来说最准确。
