《财政部、国家税务总局关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的通知》（财税〔2012〕38号）规定，试点纳税人应自执行本办法之日起，将期初库存农产品以及库存半成品、产成品（以下简称库存商品）耗用的农产品增值税进项税额作转出处理。这是因为试点纳税人在执行核定扣除前，期初存货所含进项税额已经在销项税额中得到抵扣或者作为进项税额留抵等待抵扣，所以新的核定办法实施后，必须将其转出，否则会造成进项税额重复抵扣。
例如，某农产品试点企业2012年6月购进农产品10000吨，采购成本3600万元，取得进项税额468万元。假设该农产品当月全部销售完毕，就没有库存。如果当月只销售农产品5000吨，至新的核定办法实施时，还库存农产品5000吨，由于试点期间实行进项税额核定扣除，如果不将已经计算过进项税额的试点期初库存农产品所含进项税额转出，就会造成进项税重复抵扣。那么，试点纳税人在执行财税〔2012〕38号文件过程中，如何计算期初库存商品的进项税额？是否将期初进项税额留抵全部转出？还是将期初库存商品账面成本乘以扣除税率计算转出？现结合案例作如下分析。
案例
某农产品加工企业主要从事食用油加工业务，主产品为食用植物油，副产品为饼粕（用于制造生化药品的药用原料），均为增值税应税产品。
2012年6月发生如下业务：
1.原料月初库存为零，本月购入原料10000吨。其中，购自贸易企业8000吨，采购成本5600万元，取得进项税额728万元（增值税专用发票），支付运费40万元；购自小规模纳税人2000吨，采购成本1580万元，取得普通发票。本月加工耗用原料8000吨，月末库存原料2000吨。
2.燃料、动力等机物料月初库存为零。本月购入燃料、动力等机物料成本300万元，取得进项税额51万元。本月耗用燃料、动力等机物料成本220万元，月末库存燃料、动力等机物料材料80万元。
3.食用油和饼粕月初库存为2500吨，商品成本1960万元。本月产出食用油、饼粕7680吨，生产成本5969.44万元。其中，除耗用主原料及燃料、动力等机物料外，还发生直接人工40万元，计提固定资产折旧100万元。本月销售食用油、饼粕6000吨，月末库存食用油、饼粕4180吨。
会计处理（单位：万元）
2012年6月
1.购自贸易企业、小规模纳税人的油料及运费
借：原材料——主原料（8000吨） 5600
应交税费——应交增值税（进项税额） 728
贷：银行存款 6328
借：原材料——主原料（运费） 37.20
