再次，核定征收企业所得税企业的收入应区分收入性质。《企业所得税法》第六条规定，企业以货币形式和非货币形式从各种来源取得的收入，为收入总额。包括：（一）销售货物收入；（二）提供劳务收入；（三）转让财产收入；（四）股息、红利等权益性投资收益；（五）利息收入；（六）租金收入；（七）特许权使用费收入；（八）接受捐赠收入；（九）其他收入。
因此，核定征收的应税收入总额应当包括上述收入项目，同时，《国家税务总局关于企业所得税核定征收若干问题的通知》（国税函[2009]377号）规定，国税发[2008]30号文件第六条中的“应税收入额”等于收入总额减去不征税收入和免税收入后的余额。用公式表示为：应税收入额=收入总额－不征税收入－免税收入，也就是说收入总额项目中不含不征税收入和免税收入。而不征税收入主要有三项，即《企业所得税法》第七条规定的财政拨款，依法收取并纳入财政管理的行政事业性收费、政府性基金和国务院规定的其他不征税收入。免税收入为《企业所得税法》第二十六条规定的四类：包括国债利息收入；符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益；在中国境内设立机构、场所的非居民企业从居民企业取得与该机构、场所有实际联系的股息、红利等权益性投资收益；符合条件的非营利组织的收入。
最后，企业核定征税按主营项目适用应税所得率。由于经济形势的发展变化，企业多业经营普遍存在，除从事主体经营外，还可能存在取得诸如政府为扶持企业发展所取得的政府补贴收入，对外委托贷款取得的利息收入，销售不动产或土地使用权转让收入等主营业务以外的其他收入，但在如何确定应税所得率上，国税发[2008]30号文件第七条明确规定，实行应税所得率方式核定征收企业所得税的纳税人，经营多业的，无论其经营项目是否单独核算，均由税务机关根据其主营项目确定适用的应税所得率。主营项目应为纳税人所有经营项目中，收入总额或者成本（费用）支出额或者耗用原材料、燃料、动力数量所占比重最大的项目。也就是说，企业核定征税按主营项目适用应税所得率，而不能分别行业经营项目分别适用应税所得率。
