《财政部、国家税务总局关于进一步鼓励软件产业和集成电路产业发展企业所得税政策的通知》（财税〔2012〕27号）第三条规定，我国境内新办的集成电路设计企业和符合条件的软件企业，经认定后，在2017年12月31日前自获利年度起计算优惠期，第一年至第二年免征企业所得税，第三年至第五年按照25%的法定税率减半征收企业所得税，并享受至期满为止。经认定的软件企业，自获利年度起可以享受两免三减半税收优惠。
最新下发的《国家税务总局关于执行软件企业所得税优惠政策有关问题的公告》（国家税务总局公告2013年第43号）第一条规定，软件企业所得税优惠政策适用于经认定并实行查账征收方式的软件企业。第三条对“获利年度”作出了详细规定，即软件企业的获利年度，指软件企业开始生产经营后，第一个应纳税所得额大于零的纳税年度，包括对企业所得税实行核定征收方式的纳税年度。
该文件一出，引起很多争议。很多人认为，原则上实行查账征收方式的软件企业才能自获利年度起享受两免三减半优惠，但由于获利年度指包括实行核定征收方式的纳税年度，而核定征收方式的纳税年度肯定是“应纳税所得额大于零的纳税年度”，因此，实行核定征收方式的软件企业也可以从实行核定征收方式的纳税年度开始享受两免三减半优惠，即实行核定征收方式的软件企业，也可以享受税收优惠。
众所周知，实行核定征收方式的企业不能享受企业所得税税收优惠，那么软件企业是否是个特例？答案是否定的，这是对国家税务总局公告2013年第43号的误读。
国家税务总局办公厅对国家税务总局公告2013年第43号的解读中提到，由于核定征收企业不能享受相关税收优惠，企业所得税实行核定征收方式的年度，由于存在事实上的应纳税额，因此，视为企业获利年度的开始，此时由于企业不是查账征收企业，不能享受软件企业优惠。对于这种情况，5年减免税的优惠期起始应从核定征收的年度计算。因此，实行核定征收方式的软件企业，不能享受税收优惠，但优惠期自实行核定征收方式的纳税年度算起，待改为实行查账征收方式后，按照剩余年度继续享受税收优惠。
例如，某经认定的软件企业2012年实行核定征收，2013年改为查账征收，那么该软件企业的获利年度为2012年，由于2012年实行核定征收，不能享受优惠，但5年优惠期应自2012年算起，其享受税收优惠的年度为2013年免征企业所得税，2014年~2016年减半征收企业所得税。
