44号文件版本申报表的另一缺陷是没有考虑房地产企业的特殊情况。根据国家税务总局《关于房地产开发企业所得税预缴问题的通知》（国税函[2008]299号）的规定，房地产企业的未完工收入要按照规定的计税利润率计入利润总额缴税，但申报表并未相应设置，因此房地产企业无法适用该版本申报表。
国税函[2008]635号文件的申报表
考虑到以前年度亏损、免税收入（不征税收入）、房地产企业的预计毛利3个重要因素，国家税务总局于2008年6月30日下发了《关于填报企业所得税月（季）度预缴纳税申报表有关问题的通知》（国税函[2008]635号），自2008年第三季度开始实施，其中涉及的预缴纳税申报表简称635号文件版本申报表。该文件创造了“实际利润额”的概念，将季度申报表第四行由“利润总额”修改为“实际利润额”，规定“实际利润额”填报按会计制度核算的利润总额减除以前年度待弥补亏损以及不征税收入、免税收入后的余额。房地产开发企业本期取得预售收入按规定计算出的预计利润额计入本行。
635号文件版本申报表是相对完善的预缴申报表，但是在执行过程中遇到了两个问题。一是由于635号文件规定的“实际利润额”口径需要在表下计算，而不是将调增项目直接在申报表体现，出现了部分基层税务机关执行政策不到位的现象，影响了纳税人的合法权益。二是建筑企业等特殊行业新税收政策的颁布，申报表无法容纳相应的变动。因此，635号文件版本申报表需要与时俱进，国家税务总局2011年第64号公告应运而生。
2011年64号公告的申报表
64号公告版本申报表汲取了前两个版本实施过程中的经验，将实际利润额的计算过程列示到申报表，并规范填报，其主要内容有：
（一）第四行“利润总额”作为计算季度缴税的主要基础，列示在申报表第四行，继续坚持季度申报以利润总额为核心的理念，同时对其进行4项调整，从而计算出第十四行“实际利润额”，作为缴税的依据。按照申报表得出基本申报公式：
实际利润额＝利润总额＋特定业务计算的应纳税所得额－免税收入－不征税收入－以前年度亏损。
（二）第五行“特定业务计算的应纳税所得额”。该行次填报房地产企业的预计毛利，同时为未来特殊项目填报预留空间，因此不直接表述为“房地产企业计算的应纳税所得额”。本行次虽然解决了将预计毛利明示申报表的目的，但是实践中仍存在两个问题，本次申报表修订未解决：一是房地产企业未完工收入对应的税金及附加无法在利润总额中扣减，只能等到年末在汇算清缴时扣除，对纳税人时间性利益影响较大，因此北京等地的税务部门允许企业变通填列进行扣减。二是房地产企业毛利结转，64号公告申报表未预留毛利调减行次，尚待进一步明确。
