（一）第4行“利润总额”作为计算季度缴税的主要基础，列示在申报表第4行，继续坚持季度申报以利润总核心的理念，同时对其进行四项调整，从而计算出第14行“实际利润额”，作为缴税的依据。按照申报表得出基本申报公式：
实际利润额=利润总额+特定业务计算的应纳税所得额-免税收入-不征税收入-以前年度亏损
（二）第5行“特定业务计算的应纳税所得额”。该行次填报房地产企业的预计毛利，同时为未来特殊项目填报预留空间，因此不直接表述为“房地产企业计算的应纳税所得额”。本行次虽然解决了将预计毛利明示申报表的目的，但是实践中仍存在两个问题，本次申报表修订未解决：
案例三：房地产企业营业税金及附加
某房地产企业2011年1季度取得未完工收入1亿元，当地的预计计税毛利率为15%，缴纳营业税金及附加、预缴土地增值税共760万元，本季度发生期间费用500万元。
1、由于缴纳的营业税金及附加、预缴的土地增值税，根据会计制度规定，不计入“主营业务税金及附加”会计科目，而是计入“应缴税费”科目，因此不构成利润总额的组成部分，该企业当年利润总额为-500万元，而不是-1260万元。
2、根据现行申报表，该企业1季度实际利润额=1500-500=1000（万元）
如果严格按照填报说明，房地产企业未完工收入对应的税金及附加无法在利润总额中扣减，只能等到年末在汇算清缴时扣除，对纳税人时间性利益影响较大，因此北京等地税务局允许企业变通填列进行扣减。该问题在635号文件申报表中即存在，64号公告申报表仍未解决该问题。
案例四：房地产企业毛利结转
某房地产企业2011年未完工收入为1亿元，已经按照15%的预计计税毛利率计入2011年度应纳税所得额，2012年1季度该项目完工且在会计上结转了收入，经过计算项目毛利润4000万元，即项目毛利率为40%，同时将应缴税费760万元结转为“主营业务税金及附加”科目。
1、利润总额=4000-760=3240（万元）
2、实际利润额=3240万元
如果按照现行申报表，在季度申报时，去年已经纳入应纳税所得额缴税的1500元毛利未扣减，在去年汇算清缴中已经调减的760万元税金也未调增。纳税人有740万元毛利属于暂时性重复纳税，只有等到汇算清缴时方能扣减，明显不合理，但64号公告申报表未预留毛利调减行次，该问题如何解决，尚有待进一步明确。
