44号文件版本申报表的另一缺陷是没有考虑房地产企业的特殊情况，根据国税函[2008]299号文件的规定，房地产企业的未完工收入要按照规定的计税利润率计入利润总额缴税，但申报表并未因此地产企业无法适用该版本申报表。例如：
案例二：房地产企业预计毛利
M房地产公司2008年1季度未完工收入1亿元，预计利润率为15%，发生期间费用500万元，由于未完工收入根据会计制度不构成利润总额的组成项目，，因此当期利润总额为-500万元。纳税申报表和税收政策有矛盾，应该加以解决。
二、国税函[2008]635号文件版本申报表
考虑到以前年度亏损、免税收入（不征税收入）、房地产企业的预计毛利三个重要因素，国家税务总局2008年630 日下发了《国家税务总局关于填报企业所得税月（季）度预缴纳税申报表有关问题的通知》（国税函[2008]635号文件，以下简称635号文件申报表），自2008年第3季度开始实施。该文件创造了“实际利润额”的概念，将季度申报表第4行由“利润总额”修改为“实际利润额”，规定“实际利润额”填报按会计制度核算的利润总额减除以前年度待弥补亏损以及不征税收入、免税收入后的余额。房地产开发企业本期取得预售收入按规定计算出的预计利润额计入本行。
即：635号文件既坚持了以利润总额作为申报主体，不做过多得纳税调整，以减少纳税人负担，又对特殊项目进行适度调整。
如果按635号文件的填报口径，案例1中M公司实际利润额=利润总额-以前年度亏损-免税收入=2000-1000-1000=0，因此当季度无需预缴税款，解决了企业的实际问题。
如果按635号文件的填报口径，案例2中的M公司实际利润额=利润总额+未完工收入计算的预计利润=-500+1500=1000（万元），申报表同政策规定相符合。
635号文件是相对完善的预缴申报表，但是在执行过程中遇到了两大问题，一是，由于635号文件规定的“实际利润额”口径需要在表下计算，而不是将调增项目直接在申报表体现，出现了部分基层税务机关执行政策不到位的现象，影响了纳税人的合法权益；二是，建筑企业等特殊行业新税收政策的颁布，申报表无法容纳。因此635颁布申报表需要与时俱进，国家税务总局2011年第64号公告随之应运而生。
三、64号公告版本申报表
64号公告版本申报表，汲取了前两个版本实施过程中的经验，将实际利润额的计算过程列示到申报表，并规范填报，内容非常丰富，其主要内容有：
