注册会计师在对企业进行清产核资审计时，要做的主要工作是核查账务，确定损益情况，有时还要对资产重估，从而确认资产、负债以及企业权益的真实价值。清产核资工作有专门的规定和操作原则，要求中介机构对企业的清产核资结果进行专项财务审计，并对有关损益提出鉴证证明。结合多年实践经验，针对企业清产核资中存在的问题，注册会计师在进行审计时应注重以下几点：
一、货币资金的审计
货币资金是企事业单位中流动性最强的重要资产，审计风险较大。在审计时遇到的问题一般有企业大额定期存款、非基本账户大额活期存款、企业存入证券公司的款项、企业短期贷款、应付账款账户长期外挂、存款余额函证执行、现金盘点、核对银行对账单与银行存款等。
对企业库存现金的审计要进行突击盘点，根据盘点情况判断企业的现金管理状况，结合企业的内控制度，分析企业是否存在账外资金，同时实施必要的审计程序作为证明。企业在银行的存款，不仅需要同银行进行账单核对，还要对存款和贷款情况进行询证。结合企业编制的未达账调节表进行逐笔核对，重点关注对数额较大和长期未到账的项目。
二、应收、应付款项的审计
应收款项损失的审计即坏账损失的鉴证，指的是企业不能收回的各项应收款项的损失，主要包括对应收账款、其他应收款和预付账款的审计，是企业清产核资专项审计的重点内容之一。在应收款项的审计中，应严格按照规定进行，审核债权债务是否为正常的商业往来，并对近几年的销售和应收帐款增加额比率进行分析。首先，逐笔检查应收款，将款项进行初步分类；其次对有损失的应收款项注意检查证据，进行损失鉴证。若债务人挂账与企业挂账金额不一致，应与债务人核对，待核对一致之后再进行损失鉴证。若无法联系债务人，导致核对难以进行，应检查相关经济业务内容，取得当事人和企业负责人意见后再进行鉴证，避免因此而引起的企业相关人员经济犯罪问题。
对其他应收款、预付款的审计也应通过检查原始账单、函证等程序审计来完成。金额巨大、长期应收的项目更应验证其真实性。
对应收款项进行真实性、完整性审查后，进行损失确认也是一个重要的难点。清产核资审计中对企业取得的具有法律效力的外部证据，检查是否有破产财产、剩余财产和遗产可供清偿，若有，应扣除破产财产、剩余财产和遗产后金额作为损失申报。根据清产核资的有关规定，债务单位已被宣告破产、注销、吊销工商登记或被责令关闭的，依据有效的证据，可以确认为损失。若企业尚未清算，则由审计人员根据职业判断和客观评判后出具经济见证证明认定为损失。很多企业存在类似的情况，债务单位的组织形式几经变更，对之前的欠款不予认可，从法律角度出发，债权人还保留有追偿的权利，不能认定为损失。对各内部单位欠款发生坏账损失的，应该收取内部单位的款项进行对账，核对不相符的挂账，不能认定为损失。对于注册会计师无法按照清产核算核资文件规定出具原制度损失意见的，企业可按照《企业会计制度》，采用个别认定或账龄分析法等计提坏账准备。
