目前，企业进出口业务内控审计已成为会计师事务所开辟新业务的重要领域。了解企业的基本情况是展开审计的必要准备和基本条件。这些基本情况包括企业成立时间、工商注册号、海关注册编码、进出口报关登记证书、注册资本、法人代表等内容。
这些基本情况可以通过询问管理人员、查阅相关批文证书、会计和统计资料等方法来获得。
制定审计总体计划
制定审计总体计划主要包括审计的范围，即业务循环及内容，这是审计展开的主线;审计的重点，即必须控制的重要或经常发生的业务;内部控制应有的严谨程度，譬如资产总额大、进出口总值大、内部结构复杂的加工贸易型企业应有完善的内部控制制度;审计人员构成、分工和时间预算。
了解内部控制环境。对进出口业务的内部控制环境进行调查，可采取预先设计好的问卷调查。同时，还要审阅被审计单位的政策和制度手册、会计凭证和相关原始记录。
在对被审计单位内部控制有了初步认识的基础上，应对健全性和有效性进行初步分析，以规划将要实施的符合性测试程序。
初步健全性分析主要是分析哪些重要或经常发生的业务或作业应该设置控制而未设置。譬如，代理进出口业务，未与委托人签订书面代理合同或取得报关授权委托书以及未设置专职报关员等。
初步有效性分析主要是针对控制程序与政策而实施的，这实际就是初步的风险评估。
进出口业务内控的审计方法
目前进出口业务内控审计方法主要以证据检查法为主，同时辅以观察和询问方法。
证据检查法就是抽取一定数量的会计凭证、报关单证和其他与进出口有关的资料，检查是否已按内部控制制度的规定认真贯彻执行。
一是审阅。审阅办理某笔业务应该具备的单证是否都完整;审阅相关单证是否真实，有无伪造、变造;审阅相关单证的法定效力，譬如，报关单时间应该晚于贸易合同。
审阅会计账簿，譬如，“固定资产”、“在建工程”、“原材料”、“销售收入”明细账是否登记报关单号码、手册号;产成品明细账根据耗用材料来源不同按保税料件和非保税料件分开设置;“废品损失”、“边角废料”、“残次品”等损耗区分保税与非保税情况。
二是核对检查，检查账面记录销售业务的真实性。
抽取部分出库单，追查有无销售主管批准签字的发货单或提货单;出库单记载的数量、日期是否同实物收发存登记簿记录相一致;追查发出商品的金额是否恰当合理地计入产品成本明细账中。
