银行存款审计目前的问题是：往往审计人员一般只关注银行存款的期末余额，对银行存款流水不够重视。在实际中，特别是一些资金流量大的企业，可能存在一定的风险。为了控制资金挪用等风险，需要核对资金流水，寻找没有入账的资金收付。
主要关注银行存款的完整性，找到未入账的收入。这时应关注银行对账单的发生额，而不是关注银行对账单余额是否与银行存款日记账是否相符。尤其是可能在银行对账单中记载了增加或者减少相同的金额，或者若干笔支出累积等于某一增加的银行存款，尤其要注意，这些，在银行存款余额中看不到，尤其是进来的收入，可能又通过其他应付款转出，但并没有记账，而余额又是正确的。
（一）取得了对账单和调节表后，应检查以下内容：
1.取得本期全部银行对账单，根据审计重要性水平，结合专业判断，确定需要核对的金额下限。
2.将限额以上的资金流水和银行存款日记账进行核对。没有入账的资金收付，如果没有形成未达账项，肯定借贷双方都有发生，所以，为了减少核对工作量，可以只核对日记账贷方发生数。
3.如果发现没有入账的资金收付，要认真查找原因，可能的原因主要包括被审计单位出借银行账户、收入不入账、挪用资金等。
（1）出借银行账户的情况多见于小企业和特殊行业的企业，如建筑业等。
（2）收入不入账的情况多见于有避税需求的企业。这种情况一般是在对账单上先出现一笔资金收入，然后一次或分次转出。对于这种情况，审计的策略与前一种基本相同。
（3）挪用资金的情况多见于资金存量和流量都比较大，内部控制不完善的企业。一般是对账单上先出现一笔资金支付，然后一次或分次转回，资金的支付可能以现金的方式进行，也可能流向证券营业部等其他单位。审计人员如果发现这种情况，除了进一步采取追查措施以外，要根据情况，必要时向企业主管人员反映情况。
上市公司出于粉饰现金流量和盈利能力的目的，往往利用银行存款大做文章。即虚构应收款项的回收，减少坏账准备的计提，虚增利润；同时虚增货币资金，美化现金流量。
补充：关注定期存款、保证金等受限制银行存款
当被审计单位有定期存款和承兑保证金时，要考虑其是否存在未入账贷款和应付票据的可能性。
根据票据法规定，在银行开立存款账户的法人企业及其他组织之间需具有真实的交易关系或债权债务关系，才能使用商业汇票。
为降低此种审计风险，在审计时应做到：索取企业定期存单原件（若只提供复印件，则有可能已质押）；详细审计承兑保证金的入账记录，根据保证金合理推断企业的应付银行承兑汇票规模；在对银行存贷款进行函证时，将企业从该行取得尚未到期付款的银行承兑汇票及由贴现票据转为的逾期贷款明示为一项函证内容；结合应付票据的审计，索取企业申请银行承兑汇票的内部控制制度和应付票据备查登记簿；结合长、短期借款的审计，索取被审计单位的贷款卡等。
