第一，强化预算约束与管理，将医院所有收支全部纳入预算管理，维护预算的完整性、严肃性，杜绝随意调整项目支出等问题，促进医院规范运营。新制度明确规定对医院实行“核定收支、定项补助、超支不补、结余按规定使用”的预算管理办法，并规定地方可结合实际，对有条件的医院开展“核定收支、以收抵支、超收上缴、差额补助、奖惩分明”等多种管理办法的试点。在明确医院预算管理总体办法的基础上，与财政预算管理体制改革相衔接，新制度对医院预算的编制、执行、决算等各个环节所遵循的方法、原则、程序等做出了详细规定，并明确了主管部门（或举办单位）、财政部门以及医院等主体在预算管理各环节中的职责。
第二，夯实资产负债信息，加强资产管理与财务风险防范，全面、真实反映医院资产负债情况，为严格规范医院筹资和投资行为提供有力的政策依据。新制度规定，医院要完整核算所拥有的资产和负债，全面披露资产负债信息，客观反映资产的使用消耗和实际价值。同时强化管控手段，限制非流动负债的借入，严格大型设备购置、对外投资论证报批程序。
第三，科学界定收支分类，规范收支核算管理。新制度规定，根据收入按来源、支出按用途划分的原则，合理调整医院收支分类，配合推进医药分开改革进程，弱化药品加成对医院的补偿作用，将药品收支纳入医疗收支统一核算，根据业务活动需要，收支分类中单独核算科研、教学项目收支。这些规定既体现了医院的公益性质和业务特点，又规范了医院的各项收支核算与管理。
第四，硬化成本核算，强化成本控制。医改实施方案明确提出，要加强公立医院成本核算与控制，定期开展医疗服务成本测算，科学考评医疗服务效率。新的医院财务、会计制度重点强化了对成本管理的要求，对成本管理的目标、成本核算的对象、成本分摊的流程、成本范围、成本分析和成本控制等作出了明确规定，细化了医疗成本归集核算体系，为医疗成本的分摊与核算提供口径一致、可供验证的基础数据。这些规定，对于医院加强自身的运行管理、全面提升成本核算与控制水平提供了有力的数据支持，并为今后管理部门制定合理的医疗服务价格提供了参考依据。
第五，改进完善会计科目和财务报告体系。新制度对科目体系进行了全面梳理和完善，充实了各科目的确认、计量等核算内容，使医院的日常核算依据更为明确。同时，改进完善了医院财务报告体系，新增了现金流量表、财政补助收支情况表及报表附注，改进了各报表的项目及其排列方式，还提供了作为财务情况说明书附表的成本报表的参考格式。这一方面使医院的财务报表体系与国际惯例和企业会计更为协调，增强了通用性，另一方面也兼顾了医院的实际情况，使医院的财务报表体系更为完整，以满足财务管理、预算管理、成本管理等多方面的信息需求。
