2008年国家税务总局按《中华人民共和国企业所得税法》及《实施条例》规定，出台了《企业研究开发费用税前扣除管理办法》，规定企业为开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按规定据实扣除的基础上，按照研究开发费用的50%加计扣除；形成无形资产的，按照无形资产成本的150%摊销。
一、研发费用加计扣除需及时进行项目确认及登记
A企业年度汇算时向主管税务机关申请研发费用加计扣除，经审定不予享受税收优惠，原因是企业研发立项后，未按规定进行项目确认及项目登记。
按规定，企业享受研究开发费用税前加计扣除政策分项目确认、项目登记和加计扣除3个环节。
＂项目确认＂指享受研究开发费用税前加计扣除政策的项目，需经当地政府科技部门或经信委进行审核，并取得《企业研究开发项目确认书》。
项目确认采用“常年受理，集中确认”的原则，企业申报项目确认的截止时间为每年的12月31日，超过期限的原则上不再受理；企业当年立项或变更立项的研究开发项目，应自项目立项或变更立项之日起1个月内申请项目确认和登记；企业跨年度开发的研发项目，在首次立项研发的年度申请项目确认和登记，以后年度不再报送研究开发项目确认和登记资料。
＂项目登记＂指企业取得《企业研究开发项目确认书》后，经主管税务机关审核，主管税务机关对项目进行登记并出具《企业研究开发项目登记信息告知书》。
税务机关依流程受理项目登记，不再由企业向主管税务机关申报登记；税务机关在审核过程中，对情况不清的，深入企业调查了解核实情况。对无异议的，向企业发放《企业研发项目登记信息告知书》。
案例：A废旧物资利用有限公司是一个利用三废产品进行生产的大型生产型企业，2009年企业经过对市场的研究决定对热能回收利用及尾气净化系统和设备进行开发研究，如成功将作为企业今后的生产方向。2010年企业在进行企业所得税汇算清缴时，将研究经费190万元在税前进行了扣除，并加计扣除了95万元。但税务机关却要求该企业调整应纳税所得额95万，并补交企业所得税。
分析：按《国家重点支持的高新技术领域》和国家发展改革委员会等部门公布的《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南（2007年度）》的规定，该项研究属于《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南》（2007年度）规定范围，但该企业在从事研究开发时，没有到当地政府科技部门或经信委进行审核，而没有取得《企业研究开发项目确认书》。政策规定，企业需拿到确认书后，报主管税务机关审核，主管税务机关对项目进行登记并出具《企业研究开发项目登记信息告知书》。只有这样，企业才具备加计扣除研发经费的资格。
二、企业须及时备案方可享受研发费用加计扣除优惠
部分企业认为，只要是发生符合条件的研发费用，税务部门都应允许加计扣除，资料备案并不重要，这种观点给企业带来了一些不必要的涉税风险。
按《关于企业所得税税收优惠管理问题的补充通知》（国税函[2009]255号）规定，列入企业所得税优惠管理的各类企业所得税优惠包括免税收入、定期减免税、优惠税率、加计扣除、抵扣应纳税所得额、加速折旧、减计收入、税额抵免和其他专项优惠政策。除国务院明确的企业所得税过渡类优惠政策、执行新税法后继续保留执行的原企业所得税优惠政策、新企业所得税法第29条规定的民族自治地方企业减免税优惠政策，及国务院另行规定实行审批管理的企业所得税优惠政策外，其他各类企业所得税优惠政策，均实行备案管理。
按如上规定，加计扣除属于列入企业所得税优惠管理的项目，必须实行备案管理，且只能在发生当年享受，年度汇算清缴期过后，不能在以后年度补充扣除加计部分。
案例：以上A废旧物资利用有限公司，如在2009年进行热能回收利用及尾气净化系统和设备进行开发研究时，到当地政府科技部门或经信委进行审核，符合条件，并取得《企业研究开发项目确认书》和税务部门的《企业研究开发项目登记信息告知书》后，是否能在2010年企业所得税汇算清缴时加计扣除？
分析：研发费加计扣除是实行备案管理的一项优惠政策，如果A公司在2010年企业所得税汇算清缴期内到主管税务部门进行了备案，那么其研发经费加计扣除的95万就可以扣除。如果过了企业所得税汇算清缴期还没有备案，那么其研发经费加计扣除的95万就不可以扣除。因为该项优惠政策实行备案管理，且只能在发生当年享受，过了企业所得税汇算清缴期就不能享受政策了。
三、9种情形不能享受研发费用加计扣除
1、财务核算不健全且不能准确归集研发费用的企业研发费用。
2、非创造性运用科技新知识，或非实质性改进技术、工艺、产品（服务）发生的研发费用。
3、不属于税法列举的研发费用支出。
4、委托外单位进行开发的研发费用，由委托方按照规定计算加计扣除，受托方不再加计扣除。
5、委托外单位进行开发的研发费用，对委托开发的项目，受托方应向委托方提供该研发项目的费用支出明细情况，否则该委托开发项目的费用支出不得实行加计扣除。
6、企业没有按规定报备的开发项目研发费用。
7、企业集中研究开发项目的研发费须在受益集团成员公司间进行合理分摊，各公司申请加计扣除时，须向税务机关依法提供协议或合同，对不提供协议或合同的，研发费不得加计扣除。
8、研究开发费用和生产经营费用划分不清的，不得享受加计扣除。
9、法律、行政法规和国家税务总局规定不允许企业所得税前扣除的费用和支出项目，均不允许计入研究开发费用。
案例：C公司是一中药生产企业，在生产中药产品的同时，2009年开展新药的研制。该新药是用于防治心脑血管疾病的中药新药。该企业未设立专门的研发机构。该单位研究人员在研发新药时要使用中药材，因为中药材在很多药的配方中会有重复的药材使用，所以该企业在使用药材时并未对生产使用数量和研发使用数量进行分类分别核算。在2010年企业所得税汇算清缴期内到主管税务部门进行研发经费加计扣除备案时，将本年总消耗原材料1700万，扣除按照以往年度产品耗材比率计算生产所需的中药原材料1500万元后，其余的200万耗材计入研发费用要求加计扣除。问，是否可以加计扣除100万？
分析：按《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》，企业未设立专门的研发机构或企业研发机构同时承担生产经营任务的，应对研发费用和生产经营费用分开进行核算，准确、合理的计算各项研究开发费用支出，对划分不清的，不得实行加计扣除。
企业须对研究开发费用实行专账管理，同时须按办法附表的规定项目，准确归集填写年度可加计扣除的各项研究开发费用实际发生金额。企业应于年度汇算清缴所得税申报时向主管税务机关报送本办法规定的相应资料。申报的研究开发费用不真实或者资料不齐全的，不得享受研究开发费用加计扣除，主管税务机关有权对企业申报的结果进行合理调整。
因此C公司如不能准确核算研发新药所耗用的原材料，那此部分支出就不能加计扣除。
