中注协于2008年11月12日发布《高新技术企业认定专项审计指引》（以下简称《审计指引》），在《审计指引》的具体指导下，一方面，会计师事务所已开始大量承接高新技术企业认定专项审计（以下简称认定专项审计）业务，认定专项审计工作顺利推进。另一方面，会计师事务所在认定专项审计实施过程中还存在一些问题，本文就此进行探讨与分析。
一、认定专项审计的简要回顾
2007年3月16日，第十届全国人民代表大会第五次会议审议通过了新的《中华人民共和国企业所得税法》，对高新技术企业所得税税收优惠政策作出具体规定，即国家需要重点扶持的高新技术企业，减按15％的税率征收企业所得税。2007年11月28日国务院第197次常务会议通过的《中华人民共和国企业所得税法实施条例》明确列出了“国家需要重点扶持的高新技术企业”应同时满足的条件。
为做好高新技术企业认定管理工作，2008年，科技部、财政部和国家税务总局联合印发了《高新技术企业认定管理办法》（以下简称《管理办法》）和《高新技术企业认定管理工作指引》（以下简称《管理工作指引》）。《管理办法》和《管理工作指引》均明确要求，在进行高新技术企业认定时，需要企业提交具有资质的中介机构（即会计师事务所）鉴证的企业近三个会计年度研究开发费用情况表（实际年限不足三年的按实际经营年限）和财务报表（含资产负债表、损益表、现金流量表，实际年限不足三年的按实际经营年限）以及近一个会计年度高新技术产品（服务）收入专项审计报告作为申请材料。
二、认定专项审计业务执行中存在的主要问题
1.研究开发人员的判定。企业研发人员工资薪酬在整个研发费用中占有较大比重，因而，准确界定研发人员，对认定专项审计来说非常重要。但审计过程中，对企业研发人员的判定存在一定难度，有时很难判定究竟哪些人员属于研发人员。比如，许多企业未按部门核算工资，员工聘任合同中也未注明具体岗位。又比如，一些研发人员经常参与企业的日常生产管理，往往具有双重“身份”。企业研发人员不能准确划分，其人工成本就容易和企业其他人员的人工成本相混淆，从而给认定审计后续工作带来困难。
2.研发费用的归集与分配。一些会计师事务所在审计中发现，认定企业在研发费用的归集与分配上存在以下问题：
（1）研发费用未与其他生产经营支出相区分。不少企业没有专门的研发机构，研发费用与日常生产经营支出混在一起，未作任何区分。即使设有专门研发部门的企业，其研发费用也往往不单独核算、列示。也有一些企业将与科研项目有关联，但不能算作项目投入的支出直接归集到研发费用中。(
