3.项目归集困难。
在本次新标准下，很多企业在进行项目归集时不能很好的描绘出符合高新领域的要素，导致研发项目不被评审专家所认可，从而使得该项目相关的费用等被扣除出研发费用，进而让企业出现研发费用达不到比例的境况。
4.研发费用不足。
由于工作指引设定的研发费用核算范围与会计准则并不一致，企业在进行费用归集的时候存在极大的障碍，甚至不少进行专项审计的中介机构在前期也无法明确研发费用的归集，这在很大程度上拖延了企业的高新申报进程。
5.组织管理水平欠缺。
比较突出的就是许多原本就具有高新资格的企业并没有相对完善的研发组织和管理制度，较多的采取的是粗放式管理，在准备相关资料的时候未能较好的进行提炼整合，使得企业在此方面不能够很好的得分。
