(一)合并中的企业所得税筹划的基本方法
1．转变纳税人身份或利用注册地税收优惠政策
我国对非居民企业、在经济特区、经济技术开发区注册经营的企业实行一系列的所得税优惠政策。并购企业可选择能享受到这些优惠措施的目标企业作为并购对象，并购后改变整体企业的注册地，使并购后的纳税主体能取得此类税收优惠。此条也是今后的企业所得税筹划中的普遍陛筹划策略之一，可以酌情参考使用。．
2．选择并购所需资金融资方式以减少税基
企业因负债而产生的利息费用可以抵减当期利润，从而减少所得税额的支出。因此，合并企业在进行合并所需资金融资规划时，可以结合企业本身的财务杠杆强度，通过负债融资的方式筹集并购所需资金，提高整体负债水平，以获得更大的利息挡税效应。此条在今后的企业合并的融资筹划中可以使用，也属于普遍性所得税筹划策略之一。
(二)运用财税(2009)59号新规的税收筹划要点
通过在前文中对新规定出台前后的对比已经将股权收购、合并、资产收购的筹划要点和原理作了详细的描述，笔者将在这部分对于利用财税(2009)59号文件进行筹划的对于特殊性税务处理的选择取舍、受益方分析、在清算中的运用等相关问题作以分析。
1．采取特殊税务处理中的所得税筹划的受益方分析
(1)对于被合并方而言，在企业进行股权收购、资产收购过程中．符合该文第五条规定的“五大基本条件”基础上，其可以达到“75％标准”和“85％标准”后，可进行特殊税务处理，可暂不计算评估增值部分所得，达到税收筹划目标；
(2)对于合并方而言，在企业合并过程中，符合该文第五条规定的“五大基本条件”基础上，其可以达到“85％标准”后，合并企业在此种情况下，可以考虑通过“盈+亏”筹划模式按照有关规定将合并企业亏损进行弥补。
特别值得注意的是，要注意区分股权收购和合并的情况，上述两点，在合并中适用性更强，因为，特殊性税务处理中规定“被合并企业合并前的相关所得税事项由合并企业承继。”因此，被合并方的所得税由合并方负担，对被合并方的所得税筹划，相当于为合并方节税。
此外，在控股合并中，对于股权收购，当被合并方企业没有或很少有未弥补亏损，而支付的溢价比较大时，此时采用特殊性税务处理不一定对合并企业有利，采用一般性税务处理安排反而对合并企业相当有利，但对被合并企业没有产生节税利益，因为合并方企业获得的被合并方企业净资产的计税基础是原账面价值而不是公允价值，因此将不能发挥公允价值在今后计提折旧中发挥的减税作用。笔者认为，新规定中所要求的“75％”标准，对于银行、证券等金融行业、跨国范围的合并．很难实现这一“75％”标准，因此，会导致控股合并中的被合并企业的税收负担难于规避。
2．关于财税(2009)59号文的特殊税务处理选择的其他要点
(1)对于合并方而言，要权衡特殊税务处理的亏损弥补额与一般税务处理按照公允价值入账后资产可计提折旧的比较。如果被合并企业为弥补亏损多，则考虑特殊税务处理，但若被合并企业资产量大，且曾被低估，评估增值空间巨大，则可以考虑按照一般税务处理。
(2)对于合并的双方而言，五大基本条件的方向体现了税法的导向——即合并的目的要以具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。因此，在向税务局申报认定的时，一定要说清商业目的，表述目标要尽可能详尽。
(3)要特别注意财税(2009)59号文第五条第五款对取得股权支付的原主要股东转让股权时间的要求。比如合并后，在11个月的第29天卖掉股权和12个月的第1天卖，就可能有完全不同的税务处理。企业对符合特殊重组并购的形式一定要充分明确，以保证特殊税务处理的五大基本条件的符合，以免对被合并企业所得税处理造成不利影响。
