重新申报划转完成年度的所得税。交易双方应调整划转完成纳税年度的应纳税所得额，及相应股权或资产的计税基础，向各自主管税务机关申请调整划转完成纳税年度的企业所得税年度申报表，依法计算缴纳企业所得税。《40号公告》强调，交易双方的主管税务机关应对企业申报适用特殊性税务处理的股权或资产划转加强后续管理。
执行时间
与《109号文》一致，《40号公告》适用于2014年度及以后年度企业所得税汇算清缴。此前尚未进行税务处理的股权、资产划转，符合《109号文》及《40号公告》规定的，可按《40公告》执行。
对纳税人的启示
《40号公告》关于补税的规定及其他规定，至少给纳税人以下启示：(1)确保划转后12个月内，不改变被划转股权或资产原来实质性经营活动。至于如何掌握不改变实质经营活动，并没有特别明确的规定，这加大了纳税人的风险，但是可以从以下角度把握，即如果被划转的是资产，则尽量保持资产划转以前的功能和作用，划转前资产干什么用，划转后还干什么用。如果被划转的是股权，则相关企业在股权结构、主营业务等方面别发生大的改变。(2)划转前，认真考虑《109号文》和《40号公告》的规定。由于享受特殊重组待遇，需要提交有关资料，在划转前，应按照《109号文》和《40号公告》的规定，认真准备有关提交税务局的资料，年度汇算清缴时，及时将资料递交。(3)划转后，及时进行账务处理。账务处理是享受待遇的条件之一，所以划转完成后，应及时进行账务处理。(4)2014年之前的划转，争取享受待遇。尽管《40号公告》适用于2014年之后的情况，但是给以前的划转留了一扇门，只要没处理，也就是说，只要还没缴税，还有争取的希望。
