在会计核算方面，增值税纳税企业比营业税纳税企业更为复杂，要求也更加严格。营业税依据各项收入和对应的税率就可以计算出应纳税额，而增值税在计算应纳税额的时候就更加复杂，需要准确核算各类收入和“应缴税金——应交增值税”下的各个明细账，如果会计核算不健全，就不允许抵扣进项税额，这必然要加重企业的税收负担，部分“营改增”企业就是因为未能及时适应“营改增”的转变，在会计核算上不健全，导致不允许抵扣进项税额。
根据《增值税暂行条例实施细则》第三十四条和《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》第二十九条之规定，“有下列情形之一者，应当按照销售额和增值税税率计算应纳税额，不得抵扣进项税额，也不得使用增值税专用发票：（一）一般纳税人会计核算不健全，或者不能够提供准确税务资料的。”如果增值税一般纳税人企业会计核算不健全，税务机关有权决定不允许企业抵扣进项税额，也不得使用增值税专用发票，还要按照销售额和增值税税率计算应纳税额，这将对企业的经营和税负造成重大的影响，因此企业一定要重视和健全会计核算。
对于健全会计核算问题，有关法律法规都作了相应的规定。根据《增值税暂行条例实施细则》第三十二条的规定，会计核算健全是指能够按照国家统一的会计制度规定设置账簿，根据合法、有效凭证核算。《税收征收管理法实施细则》第二十二条规定：“从事生产、经营的纳税人应当自领取营业执照或者发生纳税义务之日起１５日内，按照国家有关规定设置账簿。前款所称账簿，是指总账、明细账、日记账以及其他辅助性账簿。总账、日记账应当采用订本式。”《会计法》第三条规定：“各单位必须依法设置会计账簿，并保证其真实、完整。”第十五条规定：“会计账簿登记，必须以经过审核的会计凭证为依据，并符合有关法律、行政法规和国家统一的会计制度的规定。会计账簿包括总账、明细账、日记账和其他辅助性账簿。”
在税务执法实践过程中，如果企业在财务核算上存在如下问题，就可能要认定为会计核算不健全：一是账务设置过于简化，尤其是税法明确规定应当设置而未设置的有关账簿，无法满足申报纳税的必备明细核算需求；二是不能按照会计制度和税法的要求准确核算成本、收入、费用、应缴税金等各级各类账簿的有关数据，尤其是不能准确核算增值税的销项税额、进项税额和应纳税额；三是会计科目逻辑关系混乱，对应关系出现差错；三是有关会计数据在原始凭证、记账凭证、明细账、总账、会计报表和申报表之间缺乏逻辑对应关系；四是缺乏原始凭证或者原始凭证不符合规定要求。
