（5）从有关部门和母公司取得的研究开发费专项拨款。企业取得国家财政拨款并纳入不征税收入的研究开发费用，以及从有关部门和母公司取得的研究开发费专项拨款，在计算研发费用加计扣除时应予以剔除。
第二，注意研发项目确认的立项要求。在会计核算层面，研发费用指企业在产品、技术、材料、工艺、标准的研究、开发过程中发生的各项费用。对研发项目的立项基本无门槛，只要企业内部管理层认可就可立项。而税法规定的税前可加计扣除的项目，仅限于企业从事《国家重点支持的高新技术领域》和国家发展改革委员会等部门公布的《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南》研究开发活动。
第三，申请研发费用加计扣除必须把握3个环节。根据规定，企业享受研究开发费用税前加计扣除政策一般包括项目确认、项目登记和加计扣除3个环节。具体地说，项目确认环节指企业研究开发的项目需向政府（省辖市、县及县级市）以上科技部门或经信委申请项目确认，政府科技部门或经信委进行审核并出具《企业研究开发项目确认书》后，由政府科技部门或经信委等部门连同申请资料一同提交同级主管税务机关；项目登记环节指税务机关取得《企业研究开发项目确认书》后，对无异议或不予登记的项目，向企业出具《企业研发项目登记信息告知书》，告知项目登记号或不予登记的原因；加计扣除环节指已取得税务机关登记并发放《企业研究开发项目登记信息告知书》的企业，享受研究开发费用加计扣除时，应在企业所得税年度纳税申报前按规定进行备案。在企业所得税年度纳税申报时，企业对已经登记的研发项目所发生的研发费用享受税法规定加计扣除优惠政策。
第四，注意报送相关涉税资料的要求。根据规定，对企业申报研究开发费用加计扣除的资料包括：税务机关发放的《企业研究开发项目登记信息告知书》，《研究开发项目可加计扣除研究开发费用情况归集表》，《研究开发费用支出明细表(委托开发项目填报)》；如果是集中开发项目，需同时报送研究开发费决算表、费用分摊表和实际分享收益比例等资料；还有具有资质的中介机构出具的专项鉴证报告。
第五，注意汇缴申报的纳税调整。企业实际发生的研究开发费用，在年度中间预缴申报时，允许据实扣除，在报送税务机关备案确认后进行年度汇缴申报时，才能对符合税法要求的研发费进行加计扣除，调减当期应纳税所得额。因此，纳税人在预缴申报时不得自行加计扣除。若纳税调整后的所得小于零，其因享受加计扣除而形成的亏损额或扩大的亏损额，可以按税法规定在其后的5年内进行弥补。
