即使对A公司这类行为按照转让不动产征税，也需采取以下措施：一是要有明确的法律依据，对转让股权按照转让不动产征土地增值税，在土地增值税暂行条例中找不到依据，而国税函〔2000〕687号文件是无法作为征税法律依据的；二是应有相应的配套措施，避免B公司再转让其不动产时导致双重征税；三是要区别对待，如果两公司在转让股权之前就有相应的避税筹划，如B公司的不动产是A公司以投资的方式投入的，A公司再转让B公司的股权，有利用筹划避税的嫌疑；如果B公司的不动产是自己购置的，之前不存在通过筹划规避土地增值税的问题，就不宜对A公司征收土地增值税。
签订股权转让合同注意事项
纳税人在签订股权转让合同时，应注意以下几点：
一是在签订股权转让合同或者其他经济合同时，考虑潜在的税务风险，根据对税务风险的评估，适当调整交易的模式与合同的措辞。
二是被转让股权的企业，除不动产外，还应有其他资产、员工，也就是说，是一个可以正常经营的企业，而不是仅有不动产的公司。
三是转让价格要高于被转让股权公司不动产的公允价值。因为转让的是企业的股权，转让价格不仅取决于不动产的公允价值，还应取决于公司未来的盈利能力，转让价格远高于不动产公允价值，转让股权的说服力就高一些。
四是如果转让价格与不动产价格差不多，可以考虑让被转让股权的企业事先处理一些不动产，或者通过其他方式，降低不动产价值在整个交易价格中的比例。
总之，纳税人如果能将税务风险评估作为经济合同签订过程中的一个必要程序，在考虑税务风险的基础上，确定交易的内容与合同的表述，对防控潜在的税务风险，就会有一定的积极作用。
