企业所得税征收分为查账征收和核定征收两种方式，每种方式下包括若干方法。根据《国家税务总局关于发布〈中华人民共和国企业所得税月（季）度预缴纳税申报表〉等报表的公告》（国税总局公告2011年第64号，以下简称64号公告），并结合相关政策可以发现，企业所得税预缴方式不同，适用的税收优惠政策也有所不同。
查账征收所得税按实际利润额预缴才可享优惠
查账征收所得税的预缴方式，包括按照实际利润额预缴、按照上一纳税年度应纳税所得额平均额预缴、按照税务机关确定的其他方法预缴等三种方法。
在按照实际利润额预缴方法下，《国家税务总局关于印发〈中华人民共和国企业所得税月（季）度预缴纳税申报表〉等报表的通知》（国税函[2008]44号）将会计上的利润总额作为计算预缴所得税的依据。随后，《国家税务总局关于填报企业所得税月（季）度预缴纳税申报表有关问题的通知》（国税函[2008]635号）对此作了修订，将利润总额修改为实际利润额，明确实际利润额为按会计制度核算的利润总额减除以前年度待弥补亏损及不征税收入、免税收入后的余额，同时，将房地产开发企业本期取得预售收入按规定计算出的预计利润额也计入实际利润额。
64号公告中的实际利润额与国税函[2008]635号文件中的含义一致，并完整体现了从会计上的利润总额到计税依据的实际利润额的调整过程。64号公告仍保留以前报表中“应纳所得税额”下“减：减免所得税额”一项，同时，在“应补（退）所得税额”下增加一行“减：以前年度多缴在本期抵减所得税额”。
因此，按照实际利润额预缴，企业预缴所得税时即可减计不征税收入、免税收入，以当期会计利润弥补以前年度亏损，计算出的应纳所得税额也可享受减免所得税并可抵减以前年度多缴税款的优惠。而其他两种方法并不能享受以上待遇。
当然，无论采用何种方法，年度汇算清缴时都可享受同样待遇。但若在预缴时不能享受有关优惠政策，企业会因提前多缴税款而损失资金的时间价值，且预缴时多缴的税款，汇算清缴时的退税操作也很复杂。
核定征收所得税按收入总额核定才可享优惠
根据《国家税务总局关于印发〈企业所得税核定征收办法〉（试行）的通知》（国税发[2008]30号）规定，核定征收所得税包括核定应税所得率和核定应纳所得税额两种方法，而核定应税所得率计算应纳税额时，又包括用收入总额和成本费用总额核定应纳税所得额两种办法。
64号公告发布后，适用核定征收方式纳税人的B类申报表的一大变化，就是删除了以前报表中“减免所得税额”一行。这并非因为政策有变化，而是以前报表的设计需要改进。根据以前报表的填报说明，“减免所得税额”填写内容包括企业享受的小型微利企业、高新技术企业等优惠。实际上，这些优惠政策对企业会计核算有很高的要求，核定征收企业根本无法满足这些条件。
《财政部、国家税务总局关于执行企业所得税优惠政策若干问题的通知》（财税[2009]69号）强调，实行核定征收办法的企业暂不适用小型微利企业适用税率。国税发[2008]30号文件也规定，特定纳税人不适用核定征收办法，而根据《国家税务总局关于企业所得税核定征收若干问题的通知》（国税函[2009]377号）规定，这里的特定纳税人包括享受《企业所得税法》及其实施条例和国务院规定的一项或几项企业所得税优惠政策的企业。也就是说，核定征收企业是不能享受减免所得税优惠政策的。
但是，并不是说核定征收所得税的纳税人就不能享受任何优惠政策。根据国税函[2009]377号文件规定，核定征收所得税纳税人的应税收入额等于收入总额减去不征税收入和免税收入后的余额。因此，64号公告在按收入总额核定应纳税所得额中，“收入总额”下新增“减不征税收入、免税收入”两行。可见，核定征收所得税的纳税人只可享受减计不征税收入和免税收入的优惠政策，且只有按应税所得率计算应纳税额时，采取用收入总额核定应纳税所得额的纳税人才可享受。
需要注意的是，与查账征收所得税纳税人不同，采取其他核定征收办法的纳税人，在年度纳税时也不能享受任何优惠政策。实际上，核定征收所得税的纳税人，其预缴和年度申报的报表是一样的。根据《国家税务总局关于〈中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表〉的补充通知》（国税函[2008]1081号）规定，按照核定征收办法缴纳所得税的纳税人，年度申报缴纳所得税时也使用国税函[2008]44号文件中的B类申报表，64号公告中B类报表的表头已修改为“企业所得税月（季）度和年度纳税申报表（B类）”。
