根据《土地增值税暂行条例》第三条规定，土地增值税按照纳税人转让房地产所取得的增值额和条例规定的税率计算征收。土地增值税的计算公式应为：应纳税额=∑（每级距的土地增值额×适用税率）。在实际的工作中，土地增值税应纳税额的计算方法应该分为以下五种：查账计征法、预征计征法、评估价计征法、发票抵扣计征法和核定计征法。《土地增值税暂行条例》第九条规定，纳税人有下列情形之一的，按照房地产评估价格计算征收：（一）隐瞒、虚报房地产成交价格的；（二）提供扣除项目金额不实的；（三）转让房地产的成交价格低于房地产评估价格，又无正当理由的。
对于用房地产评估价格计算土地增值税方式，纳税人需注意以下三个要点。
评估收入与评估扣除项目金额采用的方法不同
《土地增值税暂行条例实施细则》第十四条规定，《土地增值税暂行条例》第九条（一）项所称的隐瞒、虚报房地产成交价格，是指纳税人不报或有意低报转让土地使用权、地上建筑物及其附着物价款的行为。第九条（二）项所称的提供扣除项目金额不实的，是指纳税人在纳税申报时不据实提供扣除项目金额的行为。第九条（三）项所称的转让房地产的成交价格低于房地产评估价格，又无正当理由，是指纳税人申报的转让房地产的实际成交价低于房地产评估机构评定的交易价，纳税人又不能提供凭据或无正当理由的行为。隐瞒、虚报房地产成交价格，应由评估机构参照同类房地产的市场交易价格进行评估。税务机关根据评估价格确定转让房地产的收入。提供扣除项目金额不实的，应由评估机构按照房屋重置成本价乘以成新度折扣率计算的房屋成本价和取得土地使用权时的基准地价进行评估。税务机关根据评估价格确定扣除项目金额。转让房地产的成交价格低于房地产评估价格，又无正当理由的，由税务机关参照房地产评估价格确定转让房地产的收入。
可见，按照房地产评估价格计算征收土地增值税时评估房地产转让收入采用的是市场比较法评估的房地产交易价格，评估扣除项目金额采用的是重置成本法评估的房屋成本，两种方法在评估原理上有着本质的区别。
举例说明，某工业企业转让一幢20世纪90年代建造的厂房，当时造价100万元，无偿取得土地使用权。如果按现行市场价的材料、人工费计算，建造同样的房子需600万元，该房子为7成新。该企业已按500万元出售价格向税务机关申报土地增值税。但税务机关参照同类房地产的市场交易价格进行评估该企业转让房地产的评估价格应为800万元。其他因素暂不考虑。则：（1）房地产转让收入为按市场交易价格进行评估的价格800万元；（2）扣除项目为按重置成本法评估的价格=600×70%=420（万元）；（3）增值额=800－420=380（万元）；（4）增值率=380÷420×100%=90.48%；（5）应纳税额=380×40%－420×5%=131（万元）。
