民办高校（学历教育）已依据《财政部 国家税务总局关于非营利组织免税资格认定管理有关问题的通知》（财税[2009]123号）的规定办理了民办非营利组织的免税认定。但当地税务机关认为依据《财政部 国家税务总局关于非营利组织企业所得税免税收入问题的通知》（财税[2009]122号）学费收入不在免税收入中，应缴纳企业所得税。从现有的政策看，财政部、国家税务总局没有把民办高校这类非营利组织企业所收取的学费和住宿费列入企业所得税免税范围，但也未明确属于应征范围。
答：按照《中华人民共和国企业所得税法》第五条的规定，“企业每一纳税年度的收入总额，减除不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额。” 民办高校取得的学费收入如不属于免税收入或不征税收入，由应计入应纳税所得额计征企业所得税。
