第十二，境外所得纳税时要税收抵免。居民企业应就其境内外所得在我国缴纳企业所得税，但来源于境外的所得，由于所在国已征收所得税，我国税法规定允许限额抵免境外征收的所得税。超过抵免限额的部分，可以在以后五个年度内，用每年度抵免限额抵免当年应抵税额后的余额进行抵补，具体采取分国不分项的抵免方式。此外，居民企业从其直接或者间接控制20%股份的外国企业（三层）分得的投资收益，外国企业在境外实际缴纳的所得税税额中属于该项所得负担的部分，可以作为该居民企业的可抵免境外所得税税额，在规定的抵免限额内实行间接抵免。
对于企业从境外取得所得，因客观原因无法真实、准确地确认应当缴纳并已经实际缴纳的境外所得税税额的，除该所得来源国的实际有效税率低于我国企业所得税法规定税率50%以上的外，可按境外应纳税所得额的12.5%作为抵免限额。同时，对企业从境外取得的所得，凡就该所得缴纳及间接负担的税额在所得来源国的法定税率且其实际有效税率明显高于我国的，可直接以我国企业所得税法规定的税率计算的抵免限额作为可抵免的已在境外实际缴纳的企业所得税税额。
主要参考《财政部、国家税务总局关于企业境外所得税收抵免有关问题的通知》（财税[2009]125号）和《国家税务总局关于发布<企业境外所得税收抵免操作指南>的公告》（国家税务总局公告2010年第1号）等文件。
第十三，关联交易调整。对于关联企业，特别是境内外关联企业之间的交易行为，由于涉及避税的可能，税法规定，对关联企业之间的资产转让、劳务提供、资金融通等交易价格、成本费用分摊、利润分配、资本弱化行为以及一些不合理的商业安排，企业在汇算清缴中要予以申报，不符合税法规定减少境内应纳税额的，必须进行纳税调整。但是，对于境内关联方之间的交易行为，只要该交易没有直接或间接导致国家总体税收收入的减少，原则上不做转让定价调查、调整。
主要参考《国家税务总局关于<印发中华人民共和国企业年度关联业务往来报告表>的通知》（国税发[2008]114号）和《国家税务总局关于<印发特别纳税调整实施办法（试行）>的通知》（国税发[2009]2号）等文件。
第十四，企业重组的调整。企业重组是指企业在日常经营活动以外发生的法律结构或经济结构重大改变的交易，包括企业法律形式改变、债务重组、股权收购、资产收购、合并、分立等。企业年度中发生上述重组行为的，税法规定了两种不同的税务处理方式，即一般性税务处理和特殊性税务处理。一般性税务处理方式，税法要求在重组当期确认资产转让的所得或损失；而特殊性税务处理方式，不需要将资产隐含的增值或损失在资产转移时实现，暂不确认所得或损失。但特殊性税务处理需要符合一定的条件，如符合条件且选择特殊性税务处理的，应按照规定向主管税务机关办理备案手续。
