（三）发票使用管理风险提示
违反发票管理法规的行为包括：一是未按照规定印制发票或者生产发票防伪专用品的；二是未按照规定领购发票的；三是未按照规定开具发票的；四是未按照规定取得发票的；五是未按照规定保管发票的；六是未按照规定接受税务机关检查的。
对有上述所列行为之一的单位和个人，由税务机关责令限期改正，没收非法所得，可以并处1万元以下的罚款。有前款所列两种或者两种以上行为的，可以分别处罚。
（四）一般纳税人达标不认定的风险提示
根据增值税实施条例及细则的规定，小规模纳税人年应税销售收入超过一般纳税人标准的（工业50万、商业80万），必须在次年1月底前办理一般纳税人认定手续，如纳税人不在规定时间内办理认定手续的，则按一般纳税人适用税率征收增值税，不得抵扣进项税额，并且不得使用增值税专用发票。
（五）进项抵扣环节
1.纳税人使用、保管税控设备不当的风险提示
根据《中华人民共和国税收征收管理法》的规定，纳税人未按照规定安装、使用税控装置，或者损毁或者擅自改动税控装置的，由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款；情节严重的，处二千元以上一万元以下的罚款。
2.蓝字发票不及时认证抵扣导致销方无法开具红字专用发票的风险提示
新的增值税专用发票使用规定，购方认证蓝字发票并取得购货方税务机关出具的《开具红字增值税专用发票通知单》交销货方，销方才能凭通知单开具红字增值税专用发票。如果企业开具的蓝字发票超过90日认证期限而购货方没有认证抵扣的，会出现购方无法认证抵扣、销方无法开具红字发票冲销收入的问题，直接增加企业的税收负担。
3.农产品生产加工企业违规开具收购发票的风险提示
农产品生产加工企业未按规定使用、保管、开具收购发票或未按规定要求开具收购发票或超经营范围开具收购发票情形之一的，税务机关除责令其限期整改外，收购发票进项税额不准予以抵扣。同时按《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则或《中华人民共和国发票管理办法》及其他有关规定从严处理。
4.纳税人没有按规定时限申报抵扣进项抵扣凭证，导致少抵扣进项税额的风险提示
纳税人取得的增值税专用发票、海关完税凭证、运输发票等必须在开具之日起90日内到税务机关认证，否则不予抵扣进项税额；认证通过的当月申报抵扣，否则不予抵扣进项税额。如果因业务员取得发票后没有及时交给财务人员、或者财务人员为调节税负，没有在收到抵扣凭证的当期申报抵扣进项税额，导致进项税额超出抵扣期限无法抵扣，增加企业的税收负担。
