5、财税[2009]27号文规定的税前扣除标准为企业支付的补充养老保险部分，不包括职工个人应承担的部分。我国《企业年金试行办法》规定，企业年金所需费用由企业和职工个人共同缴纳，企业缴费每年不超过本企业上年度职工工资总额的1／12，企业和职工个人缴费合计一般不超过本企业上年度职工工资总额的1／6，职工个人缴费可以由企业从职工个人工资中代扣。由此可见，职工个人缴费部分属于工资总额的组成部分，只要按规定缴纳了个人所得税，就可以在企业所得税前据实扣除。
（二）个人所得税政策解析
《国家税务总局关于企业年金个人所得税征收管理有关问题的通知》（国税函[2009]694号）对企业年金的个人所得税政策作了相应调整。
1、国税函[2009]694号文中虽然重申了应在企业年金缴费环节征税的政策，但明确了新的计税方法。该文规定，个人缴费部分不得在个人当月工资、薪金计算个人所得税时扣除，企业缴费计入个人账户的部分（以下简称企业缴费）与个人当月的工资、薪金分开，单独视为一个月的工资、薪金，不扣除任何费用计算应缴税款。
例如：假设某企业职工年金账户中每月个人缴费200元、企业缴费500元，其200元的个人缴费不得在计算员工个人工资薪金所得时于税前扣除，属于员工个人税后工薪的缴费；企业缴入其个人账户的500元不并入当月工资、薪金，直接将500元视为当月所得对应个人所得税“工资、薪金所得”税率表中的适用税率计算应扣缴的税款。
2、企业在实际操作中尤其需要注意的是，可采取企业年金计算方法的应为符合《企业年金试行办法》中相关条件的部分，并非所有形式的补充养老保险都可以采用国税函[2009]694号文规定的方法计算缴纳个人所得税，这是其与企业所得税政策最大的不同之处。对个人取得该文件规定之外的其他补充养老保险收入，应全额并入当月工资、薪金所得依法征收个人所得税。
3、在国税函[2009]694号文下发前（2009年12月10日之前），企业已按规定对企业缴费部分依法扣缴个人所得税的，税务机关不再退税；企业未扣缴企业缴费部分个人所得税的，税务机关应限期责令企业按以下方法计算扣缴税款：以每年度未扣缴企业缴费部分为应纳税所得额，以当年每个职工月平均工资额的适用税率为所属期企业缴费的适用税率，汇总计算各年度应扣缴税款。
例如：李某所在企业2008年为其建立年金，李某2008年1～12月个人所得税应纳税所得额合计36000元，企业为其支付企业年金合计为3600元，但对支付的企业年金均未扣缴个人所得税。根据国税函[2009]694号文规定，企业须按如下方法补扣税款：先计算李某2008年月平均工资额：36000／12＝3000（元），确定适用个人所得税率为15%；再计算企业为李某支付的3600元企业年金应补缴的个人所得税为：3600×15%＝540（元）。
