这种计算方法的优点是可以使一部分事业单位省去繁琐的税前调整过程，大大简化了所得税征纳手续，在一定程度提高税收征管效率，保证税源稳定。缺点是这种计算方法实际上是把所得税变成近似流转税的税种，使纳税人的应纳税额仅仅取决于流转额大小和所适用的应税所得率的高低，而与纳税人本身的实际成本、费用及纯收益水平无直接关系。应税所得率依赖主管税务机关核定后，在档次划分过于单一的情况下，实际收益水平存在较大差异的不同行业事业单位往往采用同一应税所得率，缺乏税负公平性。
（3）其他方法。
一是全部不缴纳企业所得税。对商业活动所得全面免税，而不考虑产生收入的活动是否与非营利目的相关。如在英国、澳大利亚、波兰等国，非营利组织的任何商业收入均可免除所得税，但前提条件是所有收入必须用于非营利目的。基于我国国情考虑，可以从两个层面来区别对待，对于“应税收支”占全部收支比例较小的事业单位，其所有收入用于非营利目的，可以参考国外“非营利组织”的有关规定，考虑全部免税。这种方式的缺点是很可能误导其投资选择，使大量资金流向营利领域，造成不公平竞争并助长逃税漏税风气。对于“应税收支”占全部收支比例较大的事业单位，可以在促进事业单位体制改革深化的前提下，使事业单位将营利业务剥离。如事业单位设立公司性质的下属单位，可将其“应税收支”业务转入下属公司运营，由下属公司按照有关规定缴纳企业所得税。这种方式的优点是从体制上将事业单位的“应税收支”和“非应税收支”分开核算，分别计税，可以提高征缴的准确性和合理性。但是这种方式只适合具有长期稳定的大比例“应税收支”的事业单位，其设立下属公司单独运营才具有可行性。
二是全额缴纳企业所得税，但适用低税率。有的国家对“非营利组织”从事的一切经济活动生成的利润实行全面征税制。如在保加利亚、印度、菲律宾等发展中国家，非营利组织从事所有商业活动生成的净收入，包括利息、股息、红利皆须缴纳所得税。该项规定虽然确保了国家税收的征缴，但它使非营利组织缺乏独立性和对外界变化的适应能力，抑制了组织规模的壮大。另外，有的国家对“非营利组织”参与营利性活动的收入给予低于企业所得税率的税收优惠。这是考虑到非营利组织的应税收入不能使私人获利，从而获得税法优惠政策的倾斜。如日本法律规定，公益团体参与营利性活动有权享受低档税率。结合以上两种思路，我国可以考虑不再区分事业单位的“应税收支”和“非应税收支”，而是直接将其全部收支相抵后计算结余，采用一个低于企业适用税率的档次征缴。适用税率由主管税务机关酌情核定。如企业所得税适用税率为25%，事业单位所得税适用税率可以为10%.这种计算方法的优点是最为简单易行，可以保证税源稳定；缺点是规定较为机械，尤其对于“非应税收支”占全部收支比例较大的事业单位，缺乏准确性与合理性。
三是允许部分应税收入免税，而超过该限额的部分则需纳税。有的国家如匈牙利，财团法人由经济活动所得净收益中可获得1000万匈牙利币或总收入的10%的免税，取两者中较高的数额予以免税，其余部分则须缴税。借鉴这种做法，我国主管税务机关可以根据事业单位收入比例调研情况，制定相应的纳税方案，既给事业单位一定税收优惠政策的倾斜，同时对于“应税收支”占全部收支比例较大的事业单位进行一定纳税征缴，从而保证税源稳定性和征缴公平性。
