随着社会经济的不断发展，事业单位体制改革力度越来越大。由于事业单位性质各异、收益来源多样，收费项目繁多，票据种类复杂，核算方法特殊，导致事业单位企业所得税调整项目较多，增加了税收征收管理和政策执行的特殊性和复杂性。因此，本文就事业单位缴纳企业所得税的计算方法做试探性分析。
一、事业单位财务会计政策及企业所得税政策
《事业单位财务规则》规定：“事业单位在开展非独立核算经营活动中，应当正确归集实际发生的各项费用数；不能归集的，应当按照规定的比例合理分摊。经营支出应当与经营收入配比。”事实上，大部分单位无法“合理分摊”经营支出和事业支出，而是采用以收付实现制为基础的方式核算记账，使得事业单位成本、费用、损失，难以在“应税收入”和“非应税收入”之间合理划分。因此，在《事业单位财务规则》和《事业单位会计制度》没有改进之前，其涉税业务的处理与税法之间存在着较多差异，会计核算体系制约了事业单位企业所得税计算的精确性。事业单位在履行纳税义务时必须按照税法对会计核算资料做大量、复杂的调整工作，这增加了税收征收管理和政策执行的难度。
在《企业所得税暂行条例》文件中，有两处提到“事业单位”，一是明确事业单位属于企业所得税的纳税人，需要依照规定缴纳企业所得税；二是事业单位如果涉及“应税收入”和“非应税收入”，可以按照一定方法计算缴纳企业所得税。目前主要根据财政部、国家税务总局关于《事业单位、社会团体、民办非企业单位企业所得税征收管理办法》（国税发[1999]65号）有关规定执行纳税。对于事业单位的各项收入，除财政拨款和国务院、财政部或国家税务总局规定免征企业所得税的项目外，其他一切收入都应并入其应纳税收入总额，依法计征企业所得税。
虽然国家税务总局以国税发[1999]65号文件形式规定了具体的征收管理方法，但在具体执行过程中，实际情况千差万别，操作困难较大。一方面由于事业单位运作方式的特殊性，其收入具有相对隐蔽性和不可预见性，致使税务机关对其始终缺少切实可行的事前监控手段。另一方面，对事业单位而言，在会计核算上对“应税收支”和“非应税收支”的划分标准、列支比例等诸多方面政策比较模糊，较难界定。所以，事业单位的企业所得税政策还需不断改进和完善，尤其对于事业单位征收企业所得税时的计算方法，需予以明确规定。
