企业申请研发费用加计扣除，根据国税发[2008]116号文规定，适用研发费用加计扣除优惠的纳税人指财务核算健全并能准确归集研究开发费用的居民企业，该规定中所指财务核算健全要求企业必须对研究开发费用实行专账管理，同时必须按照本办法附表的规定项目，准确归集填写年度可加计扣除的各项研究开发费用实际发生金额；企业在一个纳税年度内进行多个研究开发活动的，应按照不同开发项目分别归集可加计扣除的研究开发费用额。企业于年度汇算清缴所得税申报时向主管税务机关报送本办法规定的相应资料，申报的研究开发费用不真实或者资料不齐全的，不能享受研究开发费用加计扣除，主管税务机关有权对企业申报的结果进行合理调整。其中企业研发费加计扣除在汇算清缴时需向主管税务机关报送材料包括：
1.享受企业所得税优惠申请表（包括研发项目登记号信息）；
2.委托研发项目受托方提供的研发费用支出明细情况；
3.集中开发项目研发费决算表、费用分摊表和实际分享收益比例等资料；
4.研究开发项目的效用情况说明、研究成果报告等资料；
5.《企业所得税年度纳税申报表》相关附表；
6.税务机关需要的其他资料。
符合规定的研发费用，在企业所得税年度汇算清缴时，实行自行申报并加计扣除办法。基本流程含四个步骤：
1.企业首先向主管税务机关报送研发项目立项资料。报送当年立项或变更当年立项的研发项目资料的，可在当年度内随时报送；报送上年立项或变更上年立项研发项目资料的，最迟截止期在次年3月底（2009年在4月底）前报送。
2.主管税务机关在规定工作日内，向企业编发告知书或是通知书。企业应予以查收。
3.收到主管税务机关编发的通知书的企业，应在规定时间内，到其税务征管所属对应同级政府科技部门办理鉴定，索取鉴定意见书，并将鉴定意见书送达主管税务机关。
4.企业在办理年度汇算清缴时，应按研发项目分类，将实际发生的（国税发[2008]116号）第四条规定的研发费用金额，填入《企业所得税年度纳税申报表》等相关附表中，并计算加计扣除金额。同时向主管税务机关报送相关资料。
其次，据规定允许企业集团合理分摊研发费，对企业集团根据生产经营和科技开发的实际情况，对技术要求高、投资数额大，需要由集团公司进行集中开发的研究开发项目，其实际所发生的研究开发费，应当按照权利和义务、费用支出和收益分享一致的原则，合理确定研究开发费用的分摊方法，同时应提供明确规定参与各方在该研究开发项目中的权利和义务、费用分摊方法等内容的集中研究开发项目协议或合同，并由企业集团母公司负责编制集中研究开发项目的立项书、研究开发费用预算表、决算表和决算分摊表。
