首先是利息费用的扣除问题。EVA公式的调整原理是，在计算NOPAT时要将利息费用加回到净利润中，将其作为债务资本成本在计算资本成本时一并考虑。目前央企的做法是将报表上的财务费用科目的余额作为调整数。此法的不妥之处在于财务费用中已经抵扣了利息收入、财务收益等项目，这些被抵扣的项目体现出企业融资活动的收益，是财务费用支出的抵减项，而这部分收益对于部分企业集团内的金融公司来讲就是经营收益，应该计入净利润，因此，如果按照财务费用调整NOPAT，就会导致利息收入较大的企业的NOPAT比实际小，进而EVA比实际低。此外，目前央企对利息费用的调整扣除了所得税的影响，但税法规定利息费用可以税前扣除，所以所有者应该承认企业负债利息的抵税效应。
其次是调整项目的完整性问题。工程物资和在建工程属于长期性、持续性投资，其不能在当期创造利润，故不应包括在资本占用当中，而应在完工并转入固定资产时才计入资本成本。
最后是减值准备。EVA的计算原理认为，资产减值准备是不反映企业真实经济利润的损失，实际发生的损失才是损失，因此仅对实际发生的损失进行扣除，而各种资产减值准备易被管理层操纵，在计算NOPAT时要加回来。此项调整的后果是增加了NOPAT，减少了存货净值，从而减少了总资产，最终减少了资金占用。虽然减值准备是由市价下跌造成的，但对市价的判断失误造成的减值恰恰体现了企业的管理水平（如煤价上涨期增加库存，后期煤价下跌形成潜亏），因此从账面计提存货跌价准备，就减少了当期净利润，导致当期企业业绩下降。但从长期来看，流动资产减值准备是有转回的可能的，会计准则也是允许转回的，并不会对企业长期的经济利润造成影响，因此从EVA追求长期价值的理念来讲，流动资产减值准备的调整是没有必要的。但长期资产的减值就很难说是与经营水平相关的，且长期资产减值准备在会计处理上是不允许转回的。从这个角度说，流动资产减值准备可以不调整NOPAT，而长期资产减值准备是需要调整的。
3.难点：资本成本率的确定
在理论上，资本成本计量方法采用加权平均资本成本（WACC），其中，债务资本成本根据企业的实际情况确定，权益资本成本的确定则要体现行业的风险差异，通常采用资本资产定价模型（CAPM）来计算，但CAPM模型由于涉及贝塔值，只能在上市公司中使用。而且有些学者认为贝塔值并不能完全反映企业的全部风险因素，何况我国资本市场尚不成熟，股票交易价格的形成机制并不能充分反映上市公司的风险与价值。目前，国资委将央企的资本成本率统一定为5.5%，这会造成EVA考核的不公平。低风险企业的EVA会因统一高资本成本而被压低，高风险企业的EVA会因低资本成本而被抬高，反映在激励分配上就会出现“苦乐不均”的现象，而且可能会诱使央企将财务资源与战略资本投向高风险的产业。
