二、二手房转让土地增值税计算方法存在的弊端
由于二手房转让土地增值税计算在确定扣除项目时仍需先取得二手房的评估价格，同时，取得土地使用权支付的金额需凭已支付的地价款凭据扣除，这种做法在实践中存在以下问题：
（一）非整体转让二手房很难取得地价款支付凭证，扣除形同虚设
二手房转让计算土地增值税扣除项目时，对取得土地使用权时未支付地价款或不能提供已支付的地价款凭据的，不允许扣除取得土地使用权所支付的金额。然而，取得土地使用权时已支付的地价款凭据很难提供，尤其是单独转让某栋建筑物中某处房产时，因为购房时房价和地价并未分开，纳税人不能提供当初取得房产时的地价款凭据。从实践看，整栋建筑物整体转让，或许才有可能提供当初取得土地使用权时已支付的地价款凭据。因此，对于单独转让某栋建筑物的某处房产时，“允许扣除取得土地使用权时支付的金额”这条规定形同虚设，纳税人实际并未得到真正的扣除，加大了土地增值税税收负担。
（二）扣除项目金额中没有明确解释按评估价和按发票扣除的适用条件，容易避税
21号文件规定，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，取得土地使用权所支付的金额和旧房及建筑物的评估价格两项金额，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5％计算。但什么情况下是“不能取得评估报告”没有详细的规定，如果纳税人持有购房发票并深谙该项政策，那么极易通过比较两种计算方法达到逃避土地增值税的目的。
举个简单的例子，王某2000年花了40万元买了一处公建，房地产开发公司已为其出具正规销售不动产发票。2006年王某将该公建以60万元的价格售出，假如此次转让卖方承担的可以作为扣除项目的其他税费为1.8万元（其中旧房评估费0.2万元），旧房的评估价格为48万元（重置成本评估价乘以成新度折扣率），无法获得取得土地使用权支付的地价款凭据。那么，若按评估价计算扣除项目为48＋1.8＝49.8万元，土地增值税为3.06万元；按发票价计算扣除项目为40×（1＋5％×6）＋1.8－0.2＝53.6万元，土地增值税为1.92万元。两种计算方法比较，土地增值税相差1.14万元。如果考虑支付的评估费因素，则按发票作为扣除项目还可节约0.2万元。通过比较，纳税人完全可以因为“不能取得评估价格”而按发票作为扣除项目计算土地增值税，既节省评估费，又能达到避税目的。
（三）二手房评估质量很难保证，易造成税款流失
在计算二手房转让增值额时，允许扣除由税务机关参照房屋及建筑物的重置成本价乘以成新度折扣率后的价格，主要是考虑到如果按原成本价作为扣除项目金额，不尽合理；而采用评估的重置成本价能够相对消除通货膨胀因素的影响，比较合理。然而实际操作中，评估不规范行为时有发生，影响了评估的客观性和公正性。虽然国家陆续下发文件，规范涉税评估行为，然而，在当前评估市场发育不成熟、重经济效益轻社会责任的情况下，评估机构对二手房的重置成本评估价普遍偏高，减少了土地增值税税基。
虽然土地增值税条例中规定了评估价格须经税务机关确认，但是税务人员又非专业评估人员，在评估值普遍偏高的情况下，失去了横向比较的基础，税务人员一般不轻易推翻房地产估价师的评估结论。长此以往，影响了二手房评估报告的客观性与公正性，造成土地增值税税款流失。
三、完善二手房转让土地增值税计算方法的建议
鉴于目前二手房转让土地增值税计算方法存在的弊端，建议改变计算方法，规范计算过程，以充分发挥土地增值税的调节作用。
（一）按发票扣除作为计算扣除项目的首选
由于在经济交往中发票的重要性和真实性，可将21号文中扣除顺序调整为有购房发票的不需评估，没发票的取得评估报告。按发票金额扣除需考虑通货膨胀因素，在此基础上，每年加计一定幅度的扣除比例，建议由国家税务总局规定一个幅度范围，比如5％－8％，各地根据本地区房价、居民消费水平和价格指数等实际情况确定本地区的加计扣除比例，并报总局备案。
（二）取得土地使用权支付的金额一并纳入旧房及建筑物的评估价中
如前所述，由于取得土地使用权支付的金额需凭票扣除，只有提供扣除项目金额不实的，才能按土地增值税实施细则第十四条规定，由评估机构将取得土地使用权时的基准地价纳入评估范围内。为了避免多数纳税人转让某栋建筑物中某处房产时无法获得扣除凭据而使扣除落空，建议若采取旧房及建筑物评估方法扣除，应明确将土地取得成本纳入评估价格中，并确定土地使用权取得成本为历史成本，即取得土地使用权时的基准地价。
