预提的开发成本也进行了扣除
提及预提的开发成本，大部分人都知道一般是不允许扣除，但在具体操作中，却往往容易疏忽。企业有些开发成本可能会先预提，待实际发生时再冲减。其账务处理一般是“借：开发成本”，“贷：预提费用”，实际发生时“借：预提费用”，“贷：原材料/银行存款”等，如果预提费用多计提，最后还要再冲回，即“借：预提费用”，“贷：开发成本”。因此，在审核开发成本时，如果仅关注开发成本明细项目的归集，而不关注其对应科目是否是“预提费用”，就容易出现工作疏漏。对这种预提性质的开发成本，还应仔细查看“预提费用”借方发生额的情况，查看其后来有无实际发生，有无取得合法有效凭证，再确定能否扣除。
未取得合法有效凭证的成本费用也进行了扣除
《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）规定，除另有规定外，扣除取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、费用及与转让房地产有关税金，须提供合法有效凭证；不能提供合法有效凭证的，不予扣除。实务中，企业取得的成本费用凭证，往往总是难免存在这样那样的少数问题，比如未取得合法凭证、取得的凭证与真实业务不符、取得的是假发票、取得的发票填写不规范、取得的发票是虚开的等情形，只有认真查看每一笔成本费用的原始凭证，才能严格把关成本费用凭证的合法有效。
取得土地使用权未支付的金额也进行了扣除
土地增值税暂行条例规定，计算增值额时允许扣除的是“取得土地使用权所支付的金额”，即对土地使用权强调要“支付”，而对允许扣除的“开发土地的成本、费用”，则未强调要“支付”。因此，在查看成本费用有无合法有效凭证的同时，还应关注土地使用权金额有无实际支付。
利息支出一律按5%扣除
有些中介机构在代理土地增值税清算时，对利息支出达不到“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和5%的，就选择对企业有利的扣除方式，一律按该比例计算扣除，而不再区分企业能否按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明。土地增值税暂行条例实施细则规定，只有不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用才按取得土地使用权所支付的金额与房地产开发成本之和的10％以内计算扣除。因此，在计算利息支出时，要根据实际情况区别对待，而不能一律按比例计算扣除。
