土地增值税的计算公式为：应纳土地增值税＝增值额×税率。公式中的“增值额”，是指纳税人转让房地产所取得的收入减除扣除项目金额后的余额。从公式可看见，纳税人合理合法地准确归集扣除项目金额是计算的关键。在现实中，房地产开发的过程比较复杂，要经过项目立项、用地、开发、销售、关联方交易、融资等，期间需签订的合同种类也比较多，要做到合理合法地准确归集土地增值税的扣除项目金额，笔者认为，纳税人应注意以下几个方面的问题。
会计核算与税务处理不一致的，以税务规定为准
《中华人民共和国税收征收管理法》第二十条规定，从事生产、经营的纳税人的财务、会计制度或者财务、会计处理办法和会计核算软件，应当报送税务机关备案。纳税人、扣缴义务人的财务、会计制度或者财务、会计处理办法与国务院或者国务院财政、税务主管部门有关税收的规定抵触的，依照国务院或者国务院财政、税务主管部门有关税收的规定计算应纳税款、代扣代缴和代收代缴税款。《土地增值税清算管理规程》（国税发〔2009〕91号）第二十一条（六）规定，对同一类事项，应当采取相同的会计政策或处理方法。会计核算与税务处理规定不一致的，以税务处理规定为准。
扣除凭证要真实、合法、有效
《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）第四条（一）规定，房地产开发企业办理土地增值税清算时计算与清算项目有关的扣除项目金额，应根据土地增值税暂行条例第六条及其实施细则第七条的规定执行。除另有规定外，扣除取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、费用及与转让房地产有关税金，须提供合法有效凭证；不能提供合法有效凭证的，不予扣除。《土地增值税清算管理规程》（国税发〔2009〕91号）第二十一条规定，（一）在土地增值税清算中，计算扣除项目金额时，其实际发生的支出应当取得但未取得合法凭据的不得扣除。（二）扣除项目金额中所归集的各项成本和费用，必须是实际发生的。（三）扣除项目金额应当准确地在各扣除项目中分别归集，不得混淆。（四）扣除项目金额中所归集的各项成本和费用，必须是在清算项目开发中直接发生的或应当分摊的。（五）纳税人分期开发项目或者同时开发多个项目的，或者同一项目中建造不同类型房地产的，应按照受益对象，采用合理的分配方法，分摊共同的成本费用。
财税无具体规定的项目可参照行业规定
《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第八条（一）规定，纳税人建造普通标准住宅出售，增值额未超过扣除项目金额20%的，免征土地增值税。《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税〔2006〕21号）第一条规定，条例第八条中“普通标准住宅”和《财政部、国家税务总局关于调整房地产市场若干税收政策的通知》（财税字〔1999〕210号）第三条中“普通住宅”的认定，一律按各省、自治区、直辖市人民政府根据《国务院办公厅转发建设部等部门关于做好稳定住房价格工作意见的通知》（国办发〔2005〕26号）制定并对社会公布的“中小套型、中低价位普通住房”的标准执行。纳税人既建造普通住宅，又建造其他商品房的，应分别核算土地增值额。《财政部、国家税务总局关于土地增值税普通标准住宅有关政策的通知》（财税〔2006〕141号）规定，“普通标准住宅”的认定，可在各省、自治区、直辖市人民政府根据《国务院办公厅转发建设部等部门关于做好稳定住房价格工作意见的通知》（国办发〔2005〕26号）制定的“普通住房标准”的范围内从严掌握。
同时，提醒纳税人注意的是，房地产开发企业提供的扣除项目不符合规定的，可参照行业规定核定计算。
