对所得税和其他地方税种及发票管理的影响。由于现行征管体制原因，“营改增”后，企业所得税和其他地方税种管理受到影响，部分行业实行“营改增”试点后，部分纳税人认为企业所得税的征收机关应随主税种，甚至错误地认为“营改增”后就不需到地税机关进行申报纳税。特别是丧失“以票控税”手段后，直接影响其他地税税种和基金费的管理。纳税人从使用营业税普通发票变为使用增值税专用发票后，由于施工项目分散，材料采购分散且多而杂，发票数量巨大，因此发票的收集、审核、整理、认证等工作难度大。
配套改革应同步进行
应加快增值税立法，完善统一增值税政策。建筑业实施增值税的前提条件是相关各行业都应改征增值税。建筑业涉及的材料、劳务、能源费用等行业，如没有规范统一执行增值税制，就无法实现完整的抵扣。应将其他未纳入“营改增”的部分服务业和金融保险业同步纳入“营改增”，保证增值税抵扣链条的完整性。建议建筑劳务公司或劳务派遣公司的增值税税率参照现代服务业定为6%。
政策上规范税收管理，细化纳税时间。建筑业“营改增”后，如何规范细化纳税时间，需要税务机关认真研究和明确。建议根据建筑业会计制度关于工程价款结算方式的规定，按照竣工后一次结算、按月结算、分段结算的特点细化纳税时间，而不能简单地按月征收税款或开票征税。
过渡期给予过渡性税收政策和财政扶持政策。建议“营改增”之前未完工的工程项目可按照老政策处理，即继续按照营业税政策执行或实行简易征收。“营改增”之前未完工的项目与“营改增”后新开工项目则须严格分开财务核算，即明确规定“营改增”之前未完工项目在“营改增”之后购买的所有材料不能抵扣进项税金。同时，政府应制定相应的过渡性财政扶持政策，或设立“财政专项资金”，对税改后负担增加的企业给予财政扶持。
