不过落实政策或许还有更长的磨合之路。有“营改增”执行层面的人士透露，在实际操作中，还存在企业重视程度不够、税务机关对同一问题的口径不一致等问题。
“地方对这次的试点扩容态度也不明确，有些地方一直抱着8月1日不会全国推开的想法，准备不充分。有些省份的税务机关通知企业开始试点比较晚，也造成企业准备不足。”上述人士透露。
此外，还存在地税部门不愿向国税移交纳税大户的现象。“一些支柱性企业、政府支持的企业，地税都很不想交，这种现象相当普遍。”上述人士说，“目前地方收入尽管不会受到大影响，但会影响到地税的工作。”
这或许需要通过明确税目来解决。上述人士认为，模糊性的税目应由税务总局明确，比如边缘性的企业，如快递、咨询、会展等应当明确，而目前各地执行口径还不一样。
此外，由于国地税分家，“分税制”也影响到了次轮“营改增”。
“比如‘会议服务’既有营业税发票也有增值税发票。根据税总规定，‘会议服务’已经纳入增值税范围，但因为有些‘会议服务’在酒店，而酒店纳入抵扣，住房餐饮没有纳入，所以很多时候餐饮、住宿会一起并入酒店开票，影响到了地税，地税就不愿意。国地税的竞争影响到改革进度。”上述人士透露。
国家税务总局局长王军在7月中旬的一篇文章中也指出了此前试点过程中的诸多问题。比如前期试点中，一部分纳税人税负有所上升，少数纳税人虚开发票等骗税行为时有发生，一些过渡性政策有待规范。
但他表示，这些问题的存在，并不意味着改革出现偏差，恰恰相反，在一定程度上是改革不到位造成的。随着8月1日营改增在全国范围的推开，以及下一步铁路运输、邮电通信业的纳入，这些问题将得到解决或缓解。
