据介绍，增值税实行后应缴的数额，即销项税减去进项税，进项税就是购进货物时产生的税金，销项税即销售货物时缴纳的税金。这就意味着，进项税越多，应缴税费越少。
王晓燕告诉记者，物流企业产生的费用主要包括燃油费、人工成本、过路过桥费、车辆购置等几项。
根据相关试点情况，路桥收费不在抵扣范围；而燃油费用经常会遇到没有增值税发票、只有普通发票的加油站，也有的加油站开增值税发票程序复杂、非常困难，这部分费用就无法冲抵增值税。王晓燕说，一般来讲，路桥费、燃油费占到物流企业成本的“大头”，也就是说，物流企业很大部分的成本不能获得抵扣。
此外，在车辆购买方面，王晓燕说，这属于大件商品，很多企业原来的车辆就够用，并不会经常性购置，当然也不可能为了增加进项而盲目买车。这样，运输工具抵扣部分，由于期限等问题，无法成为抵扣项目。
深圳市道路运输协会统计数据显示，仅有约30%的营运成本能取得增值税专用发票可用于进项税额抵扣。对此，专家建议，可考虑对该行业进行成本测算，核定一个可以抵扣进项税的科学的百分比，以避免税负不降反增的情况。
不过也有专家认为，物流企业增加负担仅仅是阵痛。随着全国推广，税负增加情况正呈逐步下降乃至逐月下降态势。此外，各省财政都对税负增加较多企业实行临时扶持政策，也会减轻增负企业压力。
