报告建议，按照1994年确定的分税制，地方政府财政收入应该达到40%加20%的转移支付，中央收入占60%，但有20%转移至地方，因此，必须将因营改增而减少的地方政府收入用其他办法弥补，以使地方政府自己组织的税收能达到40%，占地方总收入的三分之二。
对于如何增加地方自主财力，《关于财税体制改革的思路》报告给了三种方案，一种是将特别消费税和车辆购置税改为在消费环节征收，同时划归地方，第二种方案是保持中央和地方75：25的增值税分享比例，将增值税税率降低到12%，允许地方开征8%以内的零售税，第三种方案是将增值税地方分享比例提高20个百分点，将个人与企业所得税的地方分享比例提高10个百分点。
针对上述三个方案，报告倾向于采用第一种方案，因为对企业的冲击面小，可行性强，但报告也建议，中长期看房产税将逐步成长为重要地方税种。
无论采用哪种方案，虽然地方财力与事权的匹配基本得到解决，但地区间的财力有可能会发生明显的重新洗牌，由此带来了转移支付的改革问题。今年以来由不同智囊机构发布的多个报告里都提到，税权的重新分配必须与转移支付改革配套进行。
在今年上半年发布的《关于2013年深化经济体制改革重点工作的意见》中，针对财税领域改革，提到要完善财政转移支付制度，减少、合并一批专项转移支付项目，增加一般性转移支付规模和比例。
国家审计署2013年1月发布的《关于2011年度中央预算执行和其他财政收支审计查出问题的整改结果》显示，财政转移支付管理方面的问题包括了一般性转移支付力度仍应加大、专项转移支付管理制度不健全、部分专项转移支付未实现预期目标的问题。
对应这些问题，财政部也给出了自己的解决办法，包括继续完善中央财政对地方均衡性转移支付规模稳定增长机制，对虚假申报套取淘汰落后产能奖励资金的问题，地方政府收回违规企业获得的奖励资金等。
但是，囿于预算制度的不完善，转移支付尤其是专项转移支付仍存在诸多漏洞，造成“跑部钱进”等现象屡禁不止。因此，学者建议争取将一般性转移支付占全部转移支付的比重提高到三分之二。
“营改增”扩容试点的推进已是箭在弦上，8月1日起，“1+7”个行业将在全国推进改革，这项改革相对进行得较为顺利，而资源税和房产税的改革则难度明显。
贾康认为，应该以资源税改革为契机使类似煤这样的基础能源体现出应有的稀缺性，理顺比价关系和价格形成机制，同时此项改革的意义还在于可以为地方税体系提供主体税源。
