2013年2月，财政部、国家税务总局连续出台了财税(2013)13号(关于研发费用加计扣除范围)、财税(2013)14号(关于职工教育经费税前扣除)、财税(2013)15号(关于相关技术人员股权奖励个人所得税)等三个鼓励科技研发的税收优惠政策。笔者仔细研究了这三个文件，发现主要有以下变化。
首先是税收优惠政策的适用地区范围不同。这三个新出台的税收优惠政策只在国内明文规定的四个地区试点，而不是全国性的税收政策。这四个试点地区是：北京市的中关村、湖北省的东湖、上海市的张江等三个国家自主创新示范区，安徽省的合芜蚌自主创新综合试验区。
其次，在这四个试点地区，研发费加计扣除的具体内容有一定的变化。
1.非试点地区(是指国内除本文中的四个试点地区以外的其他地区，下同)只允许直接从事研发工作的人员的工资薪金、奖金和补贴可以加计扣除，而注册在试点地区内、实行查账征收、经试点地区省级高新技术企业认定管理机构认定的高新技术企业，其加计扣除范围还包括为这些直接从事研发工作的人员缴纳的五险一金。对于用工成本日益高涨的企业而言，这无疑是条极受企业欢迎的税收优惠政策。
2.非试点地区专门用于研发活动的仪器、设备的折旧费或租赁费可加计扣除，而试点地区除此以外，研发用仪器、设备的运行维护、调整、检验、维修等费用也列入可加计扣除范围。不但企业用于研发仪器设备的折旧或租赁费用能够加计扣除，研发过程中的使用费也能加计扣除，这大大鼓励了企业不但要购买研发设备，还要多用于研发。
3.非试点地区对于专门用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发及制造费可加计扣除，但对于模具和工艺设备是属于固定资产还是低值易耗品没有规定。而试点地区则规定专门用于中间试验和产品试制的不构成固定资产的模具、工艺装备开发及制造费和不构成固定资产的样品、样机及一般测试手段购置费均可加计扣除，这一条全国适用的加计扣除政策的区别在于，新政策把构成固定资产的研发设备统一放在仪器、设备那一条，本条专门用来规范不构成固定资产的低值易耗品或备品、备件、样品、样机和一般测试手段购置费。研发资产标准划分更清晰，同时比非试点地区增加了不构成固定资产的样品、样机及一般测试手段购置费的加计扣除范围，将税收鼓励往研发流程的更深处延伸。
4.试点地区的高新技术企业在新药研制过程中的临床试验费也能加计扣除了，这一点还未在全国范围内实行，很多制药公司的学生来信咨询：什么时候这个政策能像营改增试点一样扩围到全国？
