尽管资源税改革3年来对所在地地方财政的增收效应明显，但是在税收杠杆的另一项作用——促进产业结构调整上收效却低于预期。
据记者了解，在新疆当地，税负的增加并没有激发生产企业降低成本和创新的动力。由于没有相应的资源价格形成机制的改革配套，资源节约和节能减排的目标暂时没有达到。
新疆财经大学公共经济与管理学院教授周莉在其《进一步深化资源税改革的思考》的署名文章将这个原因部分归结为，当前资源税与企业所得税的“此消彼长”促使实际增税效果打了折扣。
从新疆试点情况看，实行从价计征后，若按照2009年油气价格换算为从量税额后，原油税额是改革前的5.6倍，天然气税额是改革前的6.4倍，平均税负上升到4.49%。
但是，资源税是价内税，其计征税款主要从销售款中扣除，属于税前扣除部分。对企业来说，随着销售的增加，资源税款的扣除也增加，最后到企业所得税计算税款时，企业收入会较之前减少，同等条件下，企业所得税征收的税基变小。
而在实际生产中，国家为了鼓励对低品位和难采资源的开采，提高资源回采率，对于从事这类生产的企业以综合减征率来落实减免税政策。实际征收中，5%只是资源税征收的基准线，资源税率在剔除综合减征率后，才为实际征收率。
事实上，每个油气田都可以享受一定比例的减征额，多数企业的实际征收率低于5%，从新疆各油田企业测算的结果看，平均综合减征率由2008年的0.46%上升到2009年的0.51%；相应地，实际征收率从2008年的4.54%降低到2009年的4.49%，减少了0.05个百分点。因而，综合减征率与实际征收率的差距逐年拉大，一定程度上降低了加税效应。
尽管如此，资源税从价计征范围扩大仍是业界共识。
财政部财政科学研究所所长贾康告诉记者，在新疆和其他西部省份率先推行的资源税改革，在增加地方财政收入方面成效明显。目前，原油、天然气从价计征的改革已经由西部推向全国，下一步要做的就是进一步扩大资源税改革的税目覆盖范围。
在周莉看来，进一步深化资源税改革应与税费改革同步进行，在保持现有税率水平的前提下，逐步扩大从价计征的品种。“应在现有改革实践上，将煤炭纳入从价征收范围并适当提高税负水平，对其他矿产资源等仍保留从量计征方式，但应提高税额，为下一步“扩围”创造条件，适时将水资源纳入征收范围。
