新修订的《软件企业认定管理办法》明确了软件企业的认定条件及程序，自2013年4月1日起实施。新修订的《软件企业认定管理办法》（以下简称《办法》）对原《软件企业认定管理办法》做了较大的修改。
一、主要变化
一是取消了原《办法》关于“软件企业认定的受理、审核由工信部授权的软件企业认定机构负责，省级软件产业主管部门负责审批、发证”的规定；新《办法》中第五条规定，各省、自治区、直辖市及计划单列市、新疆生产建设兵团工业和信息化主管部门（以下统称省级主管部门）负责管理本行政区域内的软件企业认定工作。
二是对软件企业认定门槛适当抬高，要求加大研究开发投入，提高软件产品自主开发销售（营业）收入的比例，加强知识产权创造、运用、保护和管理，申报企业自产软件产值占总产值的比例由35%提高到40%；从软件收入和自产软件收入比例上：软件企业的软件产品开发销售（营业）收入占企业收入总额的比例一般不低于50%（嵌入式软件产品和信息系统集成产品开发销售（营业）收入占企业收入总额的比例不低于40%），其中软件产品自主开发销售（营业）收入占企业收入总额的比例一般不低于40%（嵌入式软件产品和信息系统集成产品开发销售（营业）收入占企业收入总额的比例不低于30%）；
三是明确了软件企业认定办理时限为20个工作日，新《办法》第九条中规定，省级主管部门自受理软件企业认定申请之日起20个工作日内按照本办法第七条规定，对软件产品开发销售（营业）情况、技术研发能力情况（包括研发环境、研发团队、以及场所购买或租赁情况等）、质量保障能力情况（包括质量保障体系、测试实验环境与工具等）、知识产权情况（包括核心技术知识产权情况、知识产权保护情况等）、企业管理情况（包括管理团队、经营管理制度等）等进行审查，必要时可组织产业、财务等专家围绕上述方面对申请企业进行评审。
四是对认定结果除报工业和信息化部公示、备案外，还要同时抄送同级发展改、财政、税务部门；
五是规定每年2月份前，地方软件产业主管部门需向工信部报送软件企业认定年度总结报告。旧《办法》规定：提供上年度财务报表。新《办法》的第八条第六款规定：经具有国家法定资质的中介机构鉴证的企业上一年度和当年度（实际年限不足一年的按实际月份）财务报表（含资产负债表、损益表、现金流量表）以及企业软件产品开发销售（营业）收入、企业软件产品自主开发销售（营业）收入、企业研究开发费用、境内研究开发费用等情况表并附研究开发活动说明材料（研究开发费用、软件产品开发销售（营业）收入政策口径分别按照财税〔2012〕27号文件第十三条、第十六条的规定归集）；也就是需要企业提供年度审计报告和软件收入的专项审计报告。
在研发费用的审核标准上，新《办法》中要求拥有核心关键技术，并以此为基础开展经营活动，且当年度的研究开发费用总额占企业销售（营业）收入总额的比例不低于6%；其中，企业在中国境内发生的研究开发费用金额占研究开发费用总额的比例不低于60%。
二、其他需要关注的内容
软件企业认定实行年审制度。未年审或年审不合格的企业，即取消其软件企业的资格，软件企业认定证书自动失效，不再享受有关鼓励政策。2011年1月1日前完成认定的软件企业，在享受企业所得税优惠政策期满前，仍按信部联产[2000]968号文的认定条件进行年审，优惠期满后按照本办法重新认定，但不再享受财税[2012]27号文第三条规定的两免三减半优惠政策。
工业和信息化部在部门户网站和“中国双软认定网”上对省级主管部门报送的经认定的软件企业名单公示7个工作日，没有异议的，予以备案。有异议的，工业和信息化部不予备案，发回报送的省级主管部门重新审核。
软件企业认定证书由工业和信息化部统一印制，正本和副本各一份。
